手术治疗是临床上最常用的治疗手段，很多疾病都需要借助手术来治疗，尤其是比较严重的疾病。近年来手术治疗已经成为临床上的主要治疗手段，对于比较大的输尿管结石，医生就会选择手术方式将结石去除，以达到治愈的目的。
(1)手术治疗指征是相对的，一般认为直径大于1.0cm的结石自排的机会较小，特别是常见的草酸结石，因表面不光滑，难以排出。结石引起的梗阻而影响肾功能，或经非手术治疗无效者，均应考虑手术治疗。近年来由于体外震波碎石及腔内泌尿外科的发展，手术指征发生了一定的变化。
(2)手术治疗的原则①对于双侧肾结石一般情况下应先取手术简单安全的一侧。原则上如总肾功能尚好时，应先行梗阻严重的一侧;若总肾功能不良，宜先选择肾功能较好的一侧。如结石难以除去，患者病情严重，可经膀胱镜行输尿管插管，进入肾盂作引流或先行肾造口术。必要时手术前可配合人工肾或腹膜透析治疗。②一侧肾结石对侧输尿管结石应先行梗阻严重的输尿管取石术。③双侧输尿管结石应先取梗阻严重的一侧。对有原发尿路梗阻的肾结石，例如合并肾盂输尿管连接处狭窄的，在取石的同时需做肾盂成形术以矫正梗阻。对有原发性甲状腺功能亢进的肾结石患者应先做甲状旁腺手术，术后有的肾结石可自行溶解。对于因结石引起的急性梗阻性无尿症，手术取石解除梗阻后，应注意多尿期的水电解质及酸碱代谢紊乱的防治。
(3)手术方式①肾盂或肾窦切开取石优点是出血少，并发症少，对单个肾结石疗效最好。有多数小结石在肾盂内时可采用凝块法肾盂切开取石术。近年来，利用此技术结合术中弹通碎石术，可取出较复杂的肾铸形结石。此手术应注意勿损伤肾盂输尿管连接部，以免术后狭窄。②肾实质切开取石方法是在肾脏外后侧血管较少的“Brodel”线或在肾背侧做放射形切口，甚或只在扩张的小盏上做小切口，以取出肾盂及小盏内的肾结石。③肾部分切除多发结石集中于肾一极难以取净时，可采用肾一极的部分切除术。④肾切除术肾破坏严重的鹿角状或大量结石合并严重肾积水或肾积脓，而对侧肾正常时，才考虑行患肾切除。近年来因肾结石而行肾切除术的逐渐减少。⑤输尿管切开取石术临手术前应在照泌尿系X线平片以肯定结石的部位无变动。输尿管上中段结石比下段结石的手术操作更简易，并发症少。输尿管的取石切口争取在结石上方正常的输尿管部位，将结石推上取出以免术后狭窄。取石后还应用导管探查远端有无梗阻。孤立结石的预后较多发结石好。