燕窝与毛燕在几个方面存在差异。首先关注它们的本质构成：燕窝特指由雨燕目雨燕科部分物种及金丝燕属几种金丝燕分泌的唾液混合其他物质构建的巢穴。相比之下，毛燕主要是由灰腰金丝燕建造，这种燕子倾向于使用唾液加上自身羽毛来筑巢，巢中羽毛含量可达10%至50%。
其次，产地上的区别不容忽视。燕窝主要分布在东南亚如新加坡、印尼、菲律宾和越南等地，以及中国福建和广东的沿海区域。这些地区的燕窝因其丰富的糖类、有机酸、游离氨基酸特别是唾液酸成分，被广泛认为具有滋阴、润肺、补气的功效，是一种高端的食疗佳品，深受全球消费者的青睐。而毛燕，作为洞燕的一个分类，其产地包括菲律宾、印尼以及马来西亚的沙巴和砂拉越。这些地方的燕窝洞多位于国家公园、森林保护区及沿海岛屿，如犬亚和峇南等地。
再者，两者的成分也有所区别。燕窝的主要营养成分为蛋白质，其中包括一种必需氨基酸和三种条件性必需氨基酸。人体所需的必需氨基酸共有八种，条件性必需氨基酸则有十三种。在采集环节，燕窝通常会经过挑毛处理以提升外观美感，而那些未经挑毛直接销售的燕窝，则被称为毛燕或毛燕窝。
综上，燕窝与毛燕不仅在构建材料、产地环境及营养成分处理上各有特色，这些差异也影响了它们在市场上的定位与应用。