支气管结核的检查包括细菌学检查、纤支镜检查、聚合酶链反应及影像学检查，其具体检查方法如下所述。
一、细菌学检查
常规痰抗酸染色镜检阳性率4.3％～68.8％，多数报道在30％以下。痰结核分支杆菌培养阳性率10.7％～100％，儿童胃液结核分支杆菌培养阳性率较高。细菌学检查阳性率不高的原因可能是多方面的，如引流支气管不通畅、含有结核分支杆菌的坏死物不易排出体外或毛刷不易刷到结核性分泌物、痰含菌量少、病灶为粘膜下浸润、增殖病灶处于相对静止状态、病例选择和检测方法不同等。近年有人提出在纤支镜直视下用直径2mm硅胶管深入病变的亚段细支气管吸取分泌物做厚涂片检查，阳性率可达20.8％。采用毛刷涂片，支气管冲洗液涂片培养，术后痰涂片均是痰细菌学检查的良好补充。不同采样标本，不同检测方法联合应用可提高支气管结核（EBTB）的阳性检出率。
二、组织、细胞学检查
经纤支镜支气管内采样做组织、细胞学检查是诊断EBTB最重要的手段，对细菌学检查阴性的EBTB诊断价值更大。EBTB常见的镜下表现为粘膜肥厚狭窄（43％）、充血水肿（20.6％）、糜烂溃疡（18.2％）、疤痕狭窄（18.2％），不同程度的狭窄可达90％以上。但肉眼观察无法做出正确诊断。组织病理学改变主要是干酪样、非干酪样肉芽肿，有类上皮细胞、淋巴细胞浸润。典型改变仅占36％，艾滋病（AIDS）合并EBTB者缺乏结核性肉芽肿的特征性改变。EBTB细胞学特征是坏死较为彻底，坏死物水分少，含脂多，易干燥呈颗粒状。结核结节周围无游离的纤毛柱状细胞，纤毛柱状细胞排列仍有极性，游离缘清晰，柱状结构存在，核呈桑椹样排列。上述特征不同于肿瘤凝固性坏死和异物型多核巨细胞。细胞学检查阳性率并不低于细菌学检查，在一定程度上可弥补细菌学检出率低的不足。