2、CT检查
单纯进行食管CT扫描检查不易对食管结核进行诊断，但在食管X线造影检查阴性的情况下进行食管CT扫描检查可以清晰地显示隆突下，气管，支气管旁及食管旁淋巴结肿大情况，对于食管结核的诊断有着重要意义，进行CT扫描检查时，最好口服稀释的碘造影剂，扫描范围要求从颈部至膈肌，CT扫描检查可显示下列征象：①食管腔不规则狭窄，管壁增厚及小的溃疡，②管壁内有干酪性坏死时，可显示小的坏死腔，③若食管结核为食管周围及纵隔淋巴结结核直接侵入食管壁所致，则可见到与食管管壁密切相邻的肿大淋巴结，④如有食管穿孔，则可显示纵隔内积液，脓肿形成及食管与气管间的瘘道，并可见纵隔内的游离气体，食管周围积液与软组织肿胀等。
3、MRI检查：MRI检查对食管结核的诊断意义不大，但可多轴位成像，因而对纵隔和脊柱的显示较好，对于脊椎破坏，纵隔淋巴结肿大，食管纵隔瘘引起的纵隔炎和纵隔脓肿的显示有帮助。
三、内镜检查
内镜检查能直接观察到局部损害，并能进行活体组织学检查和细菌学检查，常可有阳性发现，重复多次内镜活检可以提高诊断阳性率，但也有连续作5次内镜检查并取活检仍为阴性结果，最后行手术才确诊食管结核的报道，因此Eng等（1991）提出若食管内镜重复活检持续阴性，可在密切观察下行试验性抗结核治疗，治疗过程中如吞咽困难，胸痛及结核中毒症状均减轻，复查内镜见病灶缩小，甚至痊愈，且无肿瘤证据，则可诊断为食管结核，试验治疗时间不宜超过2个月，如2个月内无好转迹象，仍应考虑食管恶性肿瘤的可能。
内镜直视下若发现食管溃疡较深较大或局部管壁被多个溃疡所分隔时，应特别警惕食管结核的可能，事实上内镜直视下的各种大体表现都对食管结核或恶性肿瘤的诊断不具有定性意义，所以过去许多作者认为内镜检查对食管结核的诊断帮助不大，食管内镜检查的临床意义并不在于其能确诊结核，而在于其能在进行食管结核的诊断时除外食管癌或其他病变。