肾活检光镜下可将MPGN分为5个亚型：①分叶型：毛细血管襻呈明显的分叶状，主要以细胞增生为主，也可以伴有不同程度的硬化，②经典型（双轨型）：由于系膜插入而使基底膜弥漫性增厚，出现双轨，分叶状不典型，③混合型：系膜插入和分叶状虽不典型，但是在基底膜的上皮下，内皮下及系膜区内都有免疫复合物沉积，系膜细胞增生及基质增生，基底膜明显肥厚，这种类型与狼疮性肾炎的弥漫增生型非常相似，有人称之为混合性膜性和增生性肾小球肾炎，④局灶型：MPGN的改变只占全部肾小球的50％以下，⑤新月体型：50％以上的肾小球出现新月体。
2、电镜：超微结构的典型特征是系膜细胞和基质在肾小球毛细血管基膜与内皮细胞之间的伸展和间位，有电子致密免疫复合物沉积，系膜毛细血管性肾小球肾炎这一名称正是由Ⅰ型病变中系膜和毛细血管的这种改变而来，在内皮下沉积物的周围和系膜细胞胞浆附近区域，可见有新的基底膜物质形成，在系膜细胞增生和系膜基质扩展的区域通常有散在的致密物沉积，上皮下可有多少不一的电子致密物沉积，当数量足够多时与膜性肾病相似，一些肾脏病理学家称之为“混合性膜性和增生性肾小球肾炎”，或者Burkholder提出的“Ⅲ型系膜毛细血管性肾小球肾炎”，有极少数病变其肾小球损害与Ⅰ型的光镜和免疫荧光相似，但超微结构以肾小球基底膜不规则增厚，膜内有密度不一的大量沉积物为特征，这类病变也归入Ⅲ型，系膜基质和基底膜之间可有单核细胞或中性粒细胞浸润，有些肾活检组织中有少至中量的膜外沉积物呈“驼峰”状，上皮足突常消失，光镜下的透明血栓表现为血管腔内球性致密物，当这些结构或者任何其他电子致密沉积物呈现微管样结构，提示可能为冷球蛋白血症或者免疫触须样肾病。