感染后，病毒通常会在2-3天内潜伏，大多数患者在一周内出现症状，尽管有时这一过程可能延长至几周。值得注意的是，女性的症状往往比男性轻，且潜伏时间较长。
疾病初发时，外生殖器区域会出现小的炎性丘疹。随后的24-48小时内，这些丘疹迅速转变为脓疱，大约3-5天后，脓疱破裂形成边界清晰的溃疡，边缘呈锯齿状，周围伴随炎症性红晕。溃疡底部覆盖着黄色脓性物质，去除脓苔会露出出血点，伴有剧烈疼痛。这种病症因其触感柔软，被称为软下疳。
软下疳最初可能只有一两个病灶，但能通过自我接种在邻近区域引发新的病变。它们多发于外阴部，男性常见于冠状沟、包皮、龟头及包皮系带，而女性则多见于阴唇、外阴及后联合，偶尔也会出现在手指、口唇、舌头等身体其他部位。
患者的淋巴结会肿大，约半数人在几天到两周内形成溃疡。这种情况更多出现在身体的一侧（尤其是左侧），且男性发病率高于女性，这一特征称为横痃。传统上，横痃表现为急性化脓性腹股沟淋巴结炎，以单侧发生为主，伴随局部红肿热痛，溃疡破溃后形成特征性的“鱼口”状。然而，由于现代医疗及时采用有效治疗手段，典型的软下疳横痃已较少出现。
此外，软下疳还有多种非典型表现形式，包括短暂出现后迅速消失的小型软下疳，可能被误诊为其他性传播疾病的类型；肉芽组织增生导致的隆起性软下疳；影响毛囊深处形成微小溃疡的毛囊性软下疳；形态细小、类似生殖器疱疹所致糜烂的矮小软下疳；以及进展迅速、可能导致组织大范围坏死脱落的侵蚀性软下疳，这类情况常由其他细菌混合感染引起。