目前病因不明，存在明显的个体差异。大多数医生认为，口腔溃疡与以下因素有关：
1、消化系统疾病及功能紊乱
患系统性疾病的患者易发生口腔溃疡，主要是通过影响免疫系统而致病。口腔溃疡与胃溃疡、十二指肠溃疡、溃疡性结肠炎、局限性肠炎、肝炎等有关。研究表明：30%-48%的口腔溃疡患者有消化道疾病，如腹胀、腹泻或便秘等情况。其中9%以上有消化道溃疡。
2、内分泌变化
有些女性患者往往在月经期发生，可能与体内雌激素量下降有关。有些女性每逢经期或行经前后就会出现口腔溃疡，用药治疗只能暂时缓解，下月行经时依然如故地出现，疼痛难忍，与此同时，还常伴有口干、心烦、易怒和大便干结等令人烦恼的症状。临床研究发现，月经期出现口腔溃疡主要是由于体内黄体酮水平增高而雌激素(孕酮等)的水平降低所致。
3、精神因素
有的患者在精神紧张、情绪波动、睡眠状况不佳的情况下发病，可能与植物神经功能失调有关。
4、遗传因素
如父母双方均患有复发性口腔溃疡时，其子女约有80—90%患病，若双亲之一患此病时，其子女约有50—60%患病。
5、其他因素
如缺乏微量元素锌、铁、叶酸、维生素B12、营养不良等，可降低免疫功能，增加复发性口腔溃疡发病的可能性。病毒可能是口腔溃疡的始动因子，但目前尚未在患者血清中查出相关抗体，亦未见从口腔溃疡病损组织中分离出病毒的报道。细菌对口腔溃疡的作用已提出了多年，与口腔溃疡关系密切的细菌有血链球菌及幽门螺杆菌。体内超氧自由基的生成和清除率不平衡、血栓素B2和6酮前列腺素比例失调及总体水平下降可引发口腔溃疡。微循环障碍致血流速度慢，血液流量低，毛细血管静脉端管径扩张，造成局部缺血、缺氧从而引起黏膜膜损伤，溃疡形成。血清中缺锌、缺铁、高铜等与RAU的发生有一定相关性。有报道称戒烟亦可诱发口腔溃疡。牙膏中的成分12-烷硫酸钠(SLS)可能刺激黏膜，诱发口腔溃疡。
发病机制
目前发病机制仍不明，有人提出复发性口腔溃疡的遗传、环境和免疫“三联因素论”，即遗传背景加上适当的环境因素(包括精神神经体质、心理行为状态、生活工作和社会环境等)引发异常的免疫反应而出现复发性口腔溃疡特征性病损。也有人提出“二联因素”论，即外源性因素(病毒和细菌)和内源性诱导因素(激素的变化、精神心理因素、营养缺乏、系统性疾病及免疫功能紊乱)相互作用而致病。目前复发性口腔溃疡的发生趋向于是多种因素综合作用的结果。
中医病因机制：
祖国医学界早已对口腔溃疡有记载。按照中医的理论体系，口腔溃疡有以下几种病因:一是外感六淫，主要是燥、火两邪，燥邪干涩，易伤津液，火为阳邪，其性炎上，津伤火灼，口疮乃发。故口疮多在秋季及气候突变时容易复发。二是饮食不节，由于过食辛辣肥厚之品或偏食，致火热内生，循经上攻，熏蒸口舌，并常耗伤心肺肾之阴津，致口疮发生。三是情志过极，患者素日思虑过度，心烦不寐，五志郁而化火，心火亢盛，上炎熏灼口舌，或心火下移于小肠，循经上攻于口，均可致口舌生疮;或平素多有郁怒，肝郁气滞，肝气不疏，郁而化火，暗耗阴血，致冲任经脉不调，经行之时，经气郁遏更甚，肝火旺盛，上灼口舌而致口疮。四是素体阴亏，患者素体阴液不足，或久病阴损，虚火内生，灼伤口舌，乃至口舌生疮。五是劳倦内伤，或久病伤脾，脾气虚损，水湿不运，上渍口舌，而致口疮;或郁久化热，湿热上蒸，亦可致口疮。更有甚者，脾气虚极，伤及脾阳，脾阳不足，寒湿生热，上渍于口，可发口疮。六是先天察赋不足，或久用寒凉，伤及脾肾，脾肾阳虚，阴寒内盛，寒湿上渍口舌，寒凝血淤，久致口舌生疮。总之外感六淫燥火，内伤脏腑热盛是致病主因，主病之脏在于心和脾(胃)。
怎样预防口腔溃疡
不小心患上了口腔溃疡，这让患者十分的痛苦，它通常会让患者寝食难安，连正常的吃饭、喝水都会觉得痛，所以很多经常得口腔溃疡的患者都想知道，在日常生活中怎么样才能有效预防口腔溃疡呢?
1.洗牙
人们在日常生活中要定期去医院洗牙，这是非常重要的牙齿保健方法，通常半年到一年一次即可，如果是患有牙周病的患者，则要进行系统的牙周治疗。
2.注意口腔的卫生健康
有一个良好的口腔卫生环境，可以减少口腔内细菌的滋生，防止食物残渣的堆积，造成口腔的感染。因此，在日常生活中要养成早晚刷牙、饭后漱口的习惯，而且每次刷牙不得少于三分钟，同事，还可用盐开水或者生理盐水漱口，来清洁口腔卫生。
3.注意维生素的摄入
据统计有胃肠道疾病的朋友比普通人更容易引发口腔溃疡，这是因为胃肠道是影响人体对维生素吸收的关键器官，而维生素可以有效预防和减少口腔溃疡的发作。所以，大家应该尽量吃多一些蔬菜水果这些富含纤维素的实物，保持大便的通畅，这对于口腔溃疡的预防是非常重要的。
4.清淡饮食
人们在日常生活中要多吃清淡的菜肴，不要吃味道厚重、刺激性的食物。要多喝水，多吃纤维素丰富的食物，保持大便通畅，这样能有效减少口腔溃疡的发作。
5.维生素食物
多吃富含维生素b1、维生素b2、维生素c的食物，有利于溃疡愈合。故应多吃新鲜蔬菜和水果，如番茄、茄子、胡萝卜、白萝卜、白菜、菠菜等。
6.减少对口腔黏膜的刺激和摩擦
众所周知的是上火很容易引发口腔溃疡，因此，在日常生活中应该不要过度摄入辛辣、香燥、温热、动火食物，如葱、姜、韭、蒜、辣椒、胡椒等，同时，也要减少烟、酒、咖啡以及一些刺激性饮料的食用，过酸、过咸、过辣和油炸、火烤的食物也应该尽量少吃。
7.漱口
每餐饭后及晚上要漱口，牙龈炎患者可使用漱口水，达到杀灭口腔及牙周大部分致病菌，使口气清新的作用。
8.刷牙
坚持早晚刷牙。牙龈炎患者应选用药物牙膏刷牙，最好买几种不同的具有止血功效的药物牙膏交替使用，最好使用不同的品牌。
9.忌吃刺激性食物
忌用烟、酒、咖啡及刺激性饮料。这就是口腔溃疡的预防。
经常口腔溃疡是什么原因
1、饮食惹的祸
在平时应酬总是在所难免，所以饮酒、过多食用辛辣、刺激性强、生冷、油腻的食物也成为了生活的必需品，但殊不知这些便是导致经常口腔溃疡的主要因素。
2、精神因素导致
在生活中总是爱出现焦躁、易怒、紧张等负面情绪，也是导致口腔溃疡出现的主要因素之一。
3、口腔黏膜受损
口腔黏膜受损不仅会导致口腔溃疡的出现，如果不加以注意还会引起其他更为严重的口腔疾病。
4、内分泌失调导致
在平时经常会出现内分泌失调、便秘的人们患有经常口腔溃疡的几率也更大。
5、遗传因素
在日常生活中有一部分人会出现正常的食物中无法获取足量的维生素B族，而这些人群也正是口腔溃疡经常发作的主要人群。
