黄连功效和作用有许多，那有什么副作用呢？中医认为，黄连大苦大寒，过服久服易伤脾胃，脾胃虚寒者应忌用。并且苦燥伤津，阴虚津伤者也应慎用。正如《本草纲目》记载:“黄连大苦大寒，用之降火燥湿，中病即当止，岂可久服，使肃杀之令常行，而伐其生发冲和之气乎？”
现代研究表明黄连有效成分为小檗碱,小檗碱的治疗量相当安全,副作用也很少,最严重的副作用为心脏毒性,在临床可出现急性心源性脑缺氧综合征,100mg于葡萄糖溶液中滴注,病人有出现头昏,气急,心律紊乱,循环呼吸吸骤停等,并有死亡病例报道.过敏反应也较多见,小檗碱针剂（0.1%）2-4ml im,有出现全身搔痒,荨麻疹,体温升高,心慌,关节疼痛,呼吸迪促,烦躁不安,恶心,呕吐,严重的可致血压下降出现过敏性休克.。
黄连和黄芩的功效与作用
黄连黄柏黄芩都是可以入药的中草药，一般在生活当中与不同的药物搭配在一起，发挥的药效各不相同，黄芩可以起到很好的清热安胎，泻火止血的效果，尤其是对支气管炎，肺炎，或者是其他呼吸道疾病引起的咳嗽咳血等症状，起到的功效是比较好的。
1、黄芩，主入上焦肺经，以清泻上焦肺火为主，并有清热安胎，泻火止血之功，对支气管炎，肺炎等呼吸道疾病引起的咳嗽，咯吐黄痰，甚至咯血等症有良好的治疗作用，对内热所致的胎动不安，先兆流产等也有较好效果。药理研究表明，本品含黄酮类成分，主要为黄芩素、黄芩苷、汉黄芩素等，有抗炎、抗病毒、降压作用。黄芩的各种成分对对喂饲高脂饮食所致的高脂血症、脂肪肝的动物有明显改善作用，黄芩中的黄酮对乙醇所致的动物血清和肝中甘油三酯上升有改善作用。对肝过氧化脂质的形成有抑制作用对给予过过氧化脂质抽致肝损害有治疗作用，且能使实验动物的胆汁分泌量增加。《医学启源》言“黄芩，治肺中湿热，疗上热目中肿赤，瘀血壅盛，必用之药”。