胃平滑肌肿瘤良恶性的判断很重要，但其标准仍不统一。一般认为，如肿瘤超过5cm，侵犯邻近器官，肝转移或腹腔转移或有出血和坏死可肯定为恶性，但亦有1～2cm的肿瘤已发生转移而被肯定为恶性者，故转移是肯定恶性的标准。组织病理学方面的评估指标是肿瘤大小、细胞致密度、细胞大小、核的多型性及核深染、核的分裂指数。最重要的指标当属核分裂指数，直接与转移播散早晚有关，而与生存期的长短成反比。核分裂指数少于5个/10个高倍视野者，预后好，多于5个/10个高倍视野者，预后差。
胃平滑肌肉瘤切除后，最常见的复发部位是腹膜后和腹膜。低分化肿瘤、不完全切除和手术中肿瘤破裂是复发的高危因素，且其预后不良。中位复发期为1年半至2年，当出现某部位首先复发时，约50%的患者有肝转移。这与其他软组织肉瘤的复发形式常首先发生在肺是不同的。说明不同起源的肿瘤虽然有相似的形态改变，但可有不同的生物学行为。
总之，胃平滑肌肿瘤的术前诊断、良恶性的判断标准、临床病理分期和治疗方法等仍有许多课题有待进一步研究，这方面论文的学术水平有待进一步提高。积极探讨这些问题，认真总结诊治经验，努力提高胃平滑肌肿瘤的诊治水平，加强术后患者的随访是临床工作者责无旁贷的任务。