手术切除仍然是胃平滑肌肿瘤的主要治疗方法。对于手术切除范围仍有争议，从本期论文中也反映了各作者对切除范围持有不同的见解。但下列原则为多数人认同：胃平滑肌肿瘤无明确包膜，肿瘤切除易致播散和种植，故不可取;肿瘤较大，特别是位于贲门和幽门附近，如作楔形切除，可能发生切除边缘不足和引起食物通道狭窄的可能，因此常需作近端或远端的胃部分切除;多发性肿瘤、胃切除后复发者可作全胃切除;胃平滑肌肿瘤淋巴结转移少见，一般侵犯不严重，局部切除肿瘤含1～2cm正常边缘已经足够，扩大胃切除和淋巴结清扫并无必要。
胃平滑肌肉瘤没有必要作系统性淋巴结清扫，其原因如下：(1)胃平滑肌肉瘤很少发生淋巴结转移;(2)胃平滑肌肉瘤复发时也很少发生淋巴结转移，目前文献只有个别报道复发性胃平滑肌肉瘤有淋巴结转移;(3)系统性淋巴结清扫的手术方法不能改善胃平滑肌肉瘤的预后。
近年来，用腹腔镜作胃平滑肌肿瘤切除己有较多报道。鉴于胃平滑肌肿瘤包括胃平滑肌肉瘤局部切除可以达到治疗目的，用腹腔镜切除胃平滑肌肿瘤可以做到切除边缘不残留肿瘤，且胃后壁可借助腹腔镜得以良好暴露，所以应是比较合理的手术方法。腹腔镜对于胃贲门、幽门部肿瘤或巨大肿瘤的楔形切除有一定的难度，但对胃前、后壁其他部位则多能实施。
对胃平滑肌肉瘤化疗敏感度的认识目前尚很有限。化疗对软组织平滑肌肉瘤的疗效已有初步报道，但对胃的平滑肌肉瘤其作用有待进一步研究。有人认为化疗和放疗对胃平滑肌肉瘤无效，而完全切除肿瘤后辅助性放疗和化疗的好处尚不明确。另外对于不能切除的肉瘤，放、化疗在控制局部和防止肿瘤播散方面的作用也很有限。