十二指肠重复畸形的治疗方法需根据症状严重程度选择，包括手术切除、内镜治疗或保守观察。具体方案取决于消化结构异常的程度。
开腹或腹腔镜下完整切除重复肠段是根治性方法，适用于引起肠梗阻、出血或胰腺炎的情况。儿童患者需采用保留十二指肠乳头功能的术式，如重复囊肿黏膜剥除术。术后需监测吻合口瘘、胰瘘等并发症，胃肠减压维持5-7天。
对于黏膜层重复畸形，内镜下黏膜切除术ESD可完整剥离病变。直径小于2cm的囊性重复畸形可采用内镜开窗引流术，通过双极电凝切开囊壁。操作需在超声内镜引导下进行，避免损伤主胰管。
无症状的十二指肠重复畸形可定期随访，每6个月进行腹部超声和血清淀粉酶检查。出现进食后腹胀需行上消化道造影，监测是否进展为不完全性肠梗阻。婴幼儿期发现的小型重复畸形约15%会随年龄增长自行退化。
复杂病例需多学科协作，术前通过MRCP明确胰胆管解剖关系。对于与胰腺共壁的重复畸形，可联合消化外科与内镜团队行杂交手术，术中内镜定位后精准切除。术后需营养支持治疗4-6周，逐步过渡至正常饮食。
合并胰腺炎时需禁食、胃肠减压及生长抑素治疗。出血病例首选内镜下钛夹止血，无效时考虑血管介入栓塞。肠梗阻急性期需纠正水电解质紊乱，72小时内无缓解则手术干预。
术后饮食从流质逐步过渡至低脂半流质，避免高纤维食物刺激吻合口。恢复期每日进行腹部按摩促进肠蠕动，2个月内限制剧烈运动。母乳喂养婴儿可继续哺乳，配方奶喂养需选择水解蛋白配方。定期复查腹部超声监测复发，术后1年内每3个月随访1次。出现呕吐、黄疸等症状需立即就诊，警惕胰胆管狭窄等迟发并发症。