盐酸万古霉素是一种针对革兰阳性菌具有针对性的窄谱抗生素，对诸如溶血性链球菌、肺炎链球菌、衣原体和肠球菌等表现出较高的敏感性，特别是对于耐药性金黄色葡萄球菌，其效果更为显著。此药在临床应用上扮演着重要角色，主要用于治疗那些由耐甲氧西林的橙黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、肠球菌等引起的严重感染，包括心内膜炎、脑膜炎、骨髓炎、肺炎、败血症以及软组织感染等。它也是对β-内酰胺类抗生素过敏患者的替代选择。此外，盐酸万古霉素能够有效处理血液透析患者中由葡萄球菌导致的动静脉插管感染，并且口服形式适用于治疗对奥硝唑无效的假膜性肠炎或由多重耐药葡萄球菌引起的小肠结肠炎。
从药理角度看，盐酸万古霉素作为一种糖肽类抗生素，通过高亲和力结合细菌细胞壁前体肽末端的特定结构，干扰细胞壁的多糖肽聚糖合成过程，导致细菌细胞膜破坏而死亡。其作用还可能影响细胞膜的通透性和选择性抑制RNA合成。该药物对革兰阳性菌具有强大的杀菌能力，口服对治疗难辨梭状芽孢杆菌引起的假膜性肠炎效果良好。
盐酸万古霉素的抗菌谱涵盖了橙黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、链球菌和肺炎球菌等多种革兰阳性菌，同时对某些厌氧菌、艰难梭菌、炭疽杆菌、放线菌、白喉杆菌等也显示出一定的抗菌活性。然而，它对大多数革兰阴性菌、分枝杆菌、立克次体、支原体或真菌则不具备抗菌效果。
在药代动力学方面，盐酸万古霉素口服吸收不良，适合静脉注射，之后能广泛分布于身体各组织和体液中，包括血液、胸膜腔液、心包液等，并能在尿液中达到高浓度，但不易在胆汁中达到有效抗菌水平。该药物可以穿过胎盘进入乳汁，虽然正常情况下难以穿透血脑屏障，但在脑膜炎状态下能够渗透入脑组织。其半衰期在成人中平均为6小时，但在肾功能不全的患者中可显著延长。大部分药物在24小时内通过肾脏以原形排出体外，少量通过胆汁排出。血液透析和腹膜透析对此药的清除效果有限，但血液灌流或血液滤过可增强其清除效率。