亚临床甲状腺功能减退症主要是进行药物治疗，其具体治疗方法如下所述。
一、亚临床甲状腺功能减退症的治疗
未治疗的亚临床甲减可能的结局包括：心功能不全或不良的心脏终点事件（包括动脉粥样硬化疾病和心血管性病死率），总胆固醇（TC）和低密度脂蛋白胆固醇（LDL-C）升高，全身性甲减症状或神经心理症状，以及进展为临床型症状性甲减。
亚临床甲减患者的治疗，应根据患者的具体情况而定。抗甲状腺抗体阳性的患者即使血脂正常，因其发展为临床型甲减的可能性较大，因此需要治疗。但是，即使在缺乏抗甲状腺抗体的情况下，血清促甲状腺激素（TSH）水平升高与临床型甲减患病率增高有关。TSH浓度为4.5～10mU/L者，亚临床甲减与全身性甲减症状或心功能不全的相关性尚未确定，目前缺乏以人群为基础的研究，但是可能进展为临床型甲减的危险性较TSH≤4.5mU/L者要高，虽然不建议常规给予左甲状腺素钠治疗，但是需要每隔6～12个月随访甲状腺功能，监测TSH水平；TSH≥10mU/L者，发生临床型甲减的危险性增加，建议给予治疗，可以改善症状，降低LDL-C水平，应用左甲状腺素钠治疗后14％～21％的患者可以不发生临床型甲减。此外，妊娠妇女和伴排卵功能障碍的不孕症妇女也需要治疗。
1、采用左甲状腺素钠（L-T4）替代治疗，从小剂量开始。初始剂量一般为0.05～0.075mg/d（冠心病患者及老年患者应从更小剂量开始，0125～0.025mg/d），逐渐加量，直至血清TSH达到正常水平。左甲状腺素钠（L-T4）作用慢而持久，半衰期约8天。开始治疗后和改变剂量后，每6周检测1次血清TSH水平；一旦TSH水平稳定后，每年检测1次TSH；如果出现进行性甲状腺功能减退，需要增加左甲状腺素钠剂量。
治疗具有3方面的益处：
（1）可显著改善患者的症状、情绪、认知。
（2）防止其发展为临床型甲减。流行病学资料显示，为预防1例患者发展为临床甲状腺功能减退症需要治疗4.3～14.3个患者，这与其他预防性医疗措施如他汀类治疗高脂血症类似。
（3）改善血脂谱异常，对TC和LDC-C均有不同程度的降低，降低死于心血管疾病的危险，最近的一项meta分析资料显示，通过治疗亚临床甲减，TC和LDL-C分别平均下降0.2mmol/L和0.26mmol/L，但是低密度脂蛋白胆固醇（HDL-C）无明显变化。而胆固醇水平更高的患者（≥6.21mmol/L）以及因临床型甲减治疗不充分所致的亚临床甲减患者，TC下降更为明显。
2、由于人群血清TSH值分布呈偏态，大部分个体TSH在正常低限；即使正常高限的TSH也会引起TC的增高，并且TC随着L-T4替代治疗后TSH水平下降而下降；即使正常高限的TSH也会表现为血管内皮功能异常，所以最佳的TSH治疗目标范围是0.5～2.0mU/L。
3、对于TSH为4.5～10mU/L而有甲减症状者，医师可给予左甲状腺素钠试验性治疗数个月，同时监测甲减症状的改善，若症状明显改善可以继续治疗。
4、血清T3、T4的浓度的正常范围较大，不同的生活环境和劳动强度，患者对甲状腺激素的需求和敏感性也不同，治疗应该强调个体化原则。要避免过度治疗，引起甲亢、心房颤动和骨质疏松等不良后果。
5、临床型甲减在应用左甲状腺素钠治疗过程中出现亚临床甲减时，需调整药物剂量使TSH达到参考范围内。剂量调整速度需根据患者的年龄和并发疾病而定，在感觉良好的患者尤其伴心律失常或其他心脏疾病的患者中TSH的轻微升高不需要调整药物剂量。
二、亚临床甲状腺功能减退症的预后
对亚临床甲减自然病史的研究表明，57％的患者仍然是亚临床甲减，34％的患者发展为临床甲状腺功能减退，9％的患者甲状腺功能恢复正常。发展为临床甲状腺功能减退的预测因素有：抗甲状腺自身抗体阳性者；血清TSH大于20mU/L；Graves病接受放射性核素治疗者；因头面部肿瘤接受放射治疗者等。