肥疮一般采用综合性治疗。
1、系统治疗：灰黄霉素目前仍为首选，对小孢子菌最为敏感。成人0.6～0.8g/d，儿童15～20mg/（kg·d），分3次饭后服用，疗程3～4周。服药期间，多食油脂性食物，以促进药物吸收。同时要注意肝功能检查。应用灰黄霉素如同时服用中药茵陈，可提高其疗效，减少灰黄霉素的用量。并避免应用抑制胃酸分泌药物。酮康唑对断发毛癣菌最敏感，儿童用量为5mg/（kg·d），1次顿服，最好进餐时服，疗程4～8周。伊曲康唑用餐时服用，成人0.2g/d，儿童0.1g/d，每周1次，服用4～6周。特比萘芬0.25g/d，儿童0.125g/d，服用4～8周，服药期间亦应注意肝功能检查。脓癣急性期亦可短期加用小剂量皮质类固醇激素。
2、局部治疗：单用局部治疗疗效差，应同时进行系统治疗或与拔发疗法同时应用。外用药常用者有5％～10％硫磺软膏，2.5％碘酊，3％克霉唑霜等，连续应用1个月，不可间断。涂药前先用肥皂水洗头，脓癣如脓液较多，炎症明显时，可用温和杀菌剂，如0.1％依沙吖啶（利凡诺）、1∶4000高锰酸钾液或0.1％呋喃西林敷，或外用抗生素软膏如环丙沙星软膏等。在医疗条件较差的地区，对于面积较小（五分硬币范围以内）、数量不超过3块的损害可采用拔发疗法，即有用平头镊子将病损区及其周围3mm范围内的正常头发连根拔出。拔发后外涂前述外用药，每天1次。如此每周拔1次，连续3～4次。
治疗期间应注意每天用温肥皂水洗头，以洗去带菌鳞屑和痂皮，避免皮损播散。黄癣菌痂如过厚时，可先用5％水杨酸软膏或油剂除去，然后再涂药。用药前将头发剃去，每7～10天理发1次，以去除被感染的毛发。同时，对患者接触过的物品，如帽子、枕巾、理发工具，要消毒处理，病发应焚毁。