亚临床甲状腺功能减退症主要是进行药物治疗，其具体治疗方法如下所述。
一、亚临床甲状腺功能减退症的治疗
未治疗的亚临床甲减可能的结局包括：心功能不全或不良的心脏终点事件（包括动脉粥样硬化疾病和心血管性病死率），总胆固醇（TC）和低密度脂蛋白胆固醇（LDL-C）升高，全身性甲减症状或神经心理症状，以及进展为临床型症状性甲减。
亚临床甲减患者的治疗，应根据患者的具体情况而定。抗甲状腺抗体阳性的患者即使血脂正常，因其发展为临床型甲减的可能性较大，因此需要治疗。但是，即使在缺乏抗甲状腺抗体的情况下，血清促甲状腺激素（TSH）水平升高与临床型甲减患病率增高有关。TSH浓度为4.5～10mU/L者，亚临床甲减与全身性甲减症状或心功能不全的相关性尚未确定，目前缺乏以人群为基础的研究，但是可能进展为临床型甲减的危险性较TSH≤4.5mU/L者要高，虽然不建议常规给予左甲状腺素钠治疗，但是需要每隔6～12个月随访甲状腺功能，监测TSH水平；TSH≥10mU/L者，发生临床型甲减的危险性增加，建议给予治疗，可以改善症状，降低LDL-C水平，应用左甲状腺素钠治疗后14％～21％的患者可以不发生临床型甲减。此外，妊娠妇女和伴排卵功能障碍的不孕症妇女也需要治疗。
1、采用左甲状腺素钠（L-T4）替代治疗，从小剂量开始。初始剂量一般为0.05～0.075mg/d（冠心病患者及老年患者应从更小剂量开始，0125～0.025mg/d），逐渐加量，直至血清TSH达到正常水平。左甲状腺素钠（L-T4）作用慢而持久，半衰期约8天。开始治疗后和改变剂量后，每6周检测1次血清TSH水平；一旦TSH水平稳定后，每年检测1次TSH；如果出现进行性甲状腺功能减退，需要增加左甲状腺素钠剂量。