治疗具有3方面的益处：
（1）可显著改善患者的症状、情绪、认知。
（2）防止其发展为临床型甲减。流行病学资料显示，为预防1例患者发展为临床甲状腺功能减退症需要治疗4.3～14.3个患者，这与其他预防性医疗措施如他汀类治疗高脂血症类似。
（3）改善血脂谱异常，对TC和LDC-C均有不同程度的降低，降低死于心血管疾病的危险，最近的一项meta分析资料显示，通过治疗亚临床甲减，TC和LDL-C分别平均下降0.2mmol/L和0.26mmol/L，但是低密度脂蛋白胆固醇（HDL-C）无明显变化。而胆固醇水平更高的患者（≥6.21mmol/L）以及因临床型甲减治疗不充分所致的亚临床甲减患者，TC下降更为明显。
2、由于人群血清TSH值分布呈偏态，大部分个体TSH在正常低限；即使正常高限的TSH也会引起TC的增高，并且TC随着L-T4替代治疗后TSH水平下降而下降；即使正常高限的TSH也会表现为血管内皮功能异常，所以最佳的TSH治疗目标范围是0.5～2.0mU/L。
3、对于TSH为4.5～10mU/L而有甲减症状者，医师可给予左甲状腺素钠试验性治疗数个月，同时监测甲减症状的改善，若症状明显改善可以继续治疗。
4、血清T3、T4的浓度的正常范围较大，不同的生活环境和劳动强度，患者对甲状腺激素的需求和敏感性也不同，治疗应该强调个体化原则。要避免过度治疗，引起甲亢、心房颤动和骨质疏松等不良后果。
5、临床型甲减在应用左甲状腺素钠治疗过程中出现亚临床甲减时，需调整药物剂量使TSH达到参考范围内。剂量调整速度需根据患者的年龄和并发疾病而定，在感觉良好的患者尤其伴心律失常或其他心脏疾病的患者中TSH的轻微升高不需要调整药物剂量。
二、亚临床甲状腺功能减退症的预后
对亚临床甲减自然病史的研究表明，57％的患者仍然是亚临床甲减，34％的患者发展为临床甲状腺功能减退，9％的患者甲状腺功能恢复正常。发展为临床甲状腺功能减退的预测因素有：抗甲状腺自身抗体阳性者；血清TSH大于20mU/L；Graves病接受放射性核素治疗者；因头面部肿瘤接受放射治疗者等。