活检标本经5％高锰酸钾处理后再进行刚果红染色，AA蛋白对高锰酸钾敏感，与刚果红之亲和力小，着色试验为阴性，而AL蛋白与刚果红之亲和力大，着色试验为阳性，故可用此法鉴别病变系由AA蛋白或AL蛋白所致，故有助于区分原发性与继发性淀粉样变性。
骨活检是早期诊断Aβ2-M沉积于骨的最好方法，高锰酸钾-刚果红染色为阳性，而在AA或AF淀粉样蛋白则染色阴性有助于鉴别诊断，电镜下如见到排列弯曲不规则，直径为8～10nm的淀粉样纤维则可确诊。
1、光学显微镜检查：原发性与继发性淀粉样变性病的肾脏组织学表现是相似的，早期肾小球的变化不明显，只根据特殊的染色作出正确诊断，在肾小球膜，外周毛细血管壁和血管的沉积物，用刚果红染色呈砖红色，在偏光显微镜下为苹果绿色双析光现象，苏木精-紫罗兰染色呈变色现象，硫黄素-T染色在紫外线下可见荧光，在直肠，叶间血管，小动脉，集合管和细胞间质，应用厚片可观察到相近的淀粉样沉积物，细胞间质的沉积物可能与小管功能不全有关，如肾性糖尿或损害小管重吸收HCO3-。
在HE染色片上，肾小球膜表现为一种凝固的嗜曙红的物质，随着病情的加重，肾小球变成少细胞和被淀粉样沉积物所代替，在此阶段，标准光学显微镜下，不易区分糖尿病肾小球硬化症，轻链沉积病和非特异性慢性肾小球肾炎，在一些患者，毛细血管壁明显增厚，银染色阳性呈钉状，为假特发性膜性肾病，在家族性Ostertaag变体病中，淀粉样沉积物周围有巨细胞，肾小管内有淀粉样管型。
2、荧光免疫检查：其表现各异，但最常见的是在毛细血管内和肾小球膜发现对Ig，轻链和C3弱染色的无定形团块，Gallo等应用荧光免疫检查和抗Ig血清，抗轻链蛋白血清和抗AA蛋白血清进行鉴别AA和AL型，其他蛋白包括白蛋白及纤维蛋白原，也在沉积物中发现，荧光免疫检查的表现对诊断没有足够的特异性，而在原发性淀粉样变性病的沉积物中，可发现相应的轻链。