2、细菌培养：
（1）血培养：血培养在流脑时阳性率约为30％，在败血症期或暴发型为50％～75％，必须注意在应用抗菌药物前采血作细菌培养，并选用良好培养基。
（2）脑脊液培养：脑脊液培养虽较脑脊液涂片阳性率为低，但仍属必要检查步骤，脑脊液应于无菌试管内离心后，取沉渣直接接种于巧克力琼脂，同时注入葡萄糖肉汤，在5％～10％二氧化碳浓度下培养。
无论血或脑脊液培养，如得阳性结果，应进一步作生化反应和血清凝集分群分型以鉴定菌株，A群脑膜炎球菌则可作多位点酶电泳法以分型。
（3）细菌药物敏感度试验：培养阳性者应作药物敏感度试验以作治疗的参考，敏感度试验应在含有不同浓度的磺胺药物和抗生素的半固体培养基上操作，同时以不含上述药物的培养基作对照，以纸片法或试管法作敏感度试验，其结果常不够可靠。
四、免疫血清学检查
1、测定抗原的免疫学检查：包括对流免疫电泳，反向间接血凝试验，酶联免疫吸附试验，金黄色葡萄球菌A蛋白协同凝集反应，放射免疫法等，用以检测血液，脑脊液或尿中的脑膜炎球菌抗原，一般在病程的3天以内易获阳性，国内报告普遍较细菌培养阳性率为高，认为有灵敏，特异，快速和简便等优点。
2、测定抗体的免疫学检查：有间接血凝，杀菌抗体测定等，如恢复期血清效价大于急性期4倍以上，则有诊断价值，此外，抗体测定尚可用于检测人群的免疫水平，以及用以检测疫苗注射后的抗体反应，间接血凝试验较为灵敏，杀菌抗体的存在和对本病的保护密切有关，故亦有一定价值。
五、分子生物学诊断方法
PCR技术以其灵敏，快速，特异的特点，作为诊断技术已得到较广泛的应用，此方法可以快速检测不同种标本中的极少量细菌，其灵敏度可达到10-12DNA/50μl体系，比血清学检查灵敏得多，而且抗生素的应用对它的检出影响不大，并且接到标本后三四个小时即可做出诊断，可以在疾病的早期辅助临床诊断，PCR扩增Nm特异基因，不但可将流脑与其他细菌性脑膜炎区分开来，还可将Nm分群，分型及进行耐药性研究，对特定地区的流行菌型进行PCR分析，亦可为疫苗研究提供资料，虽然PCR技术有着诸多远胜于传统诊断方法的优势，不过PCR的本身亦存在一些问题，这是因为PCR对抑制因子，污染，实验条件的影响比较灵敏，在临床标本中存在许多PCR抑制因子，如血红素可以结合到Tag聚合酶上抑制它的活性，扩增基因的选择和引物的设计直接决定着扩增的灵敏性与特异性，一个PCR实验的敏感性和特异性还受标本保存，DNA提取过程和PCR产物的检测方法的影响。