一、抗锥虫治疗
1、呋喃西林(硝基呋喃腙)制剂：长程给药有一定疗效。儿童急性期口服剂量每天25mg/kg，连续15天，继以每天15mg/kg，连续75天，全疗程90天。儿童慢性期前15天剂量同上，继以每天15～18mg/kg，连续105天，全疗程120天。由于该药有胃肠道反应，因而使有的病人难以完成全疗程治疗。
2、苯硝唑(benzonidazole)：成人每天5mg/kg，口服，连续60天。该药与呋喃西林(硝基呋喃腙)制剂均可引起白细胞减少和多发性神经炎，应予注意。
3、伯氨喹：可明显降低急性期病人的锥虫血症，但不能完全清除之；对慢性期病人无效。
二、抗心律失常治疗
1、室性心律失常：防治严重室性心律失常及其所致的死亡是本病重要的治疗目标，但往往不易奏效。尽管各种抗心律失常药已广泛用于本病，但迄今仍缺少大样本和设计良好的临床资料证实哪类药物可降低猝死，改善预后。有人用电生理检查对病人进行危险性分层，并指导抗心律失常药物的选择，能减少其心律失常的发生，延长生存时间，适用于有症状的或高度复杂的室性心律失常，或两者兼有的病人，但目前只有29％的患者采用此法，且有些病人仍不能筛选出有效的药物，使其临床应用受到较大限制。对这类病人可能需要采用经验性药物治疗。胺碘酮是治疗本病最有效的抗心律失常药物，能显著减少室性心律失常的严重性和复杂性，且病人对该药耐受良好，但该药或其他抗心律失常药物能否降低总死亡率目前尚不清楚。顽固性室性心律失常往往与左心室室壁瘤形成密切相关。如室壁瘤较局限且左心室功能尚可，则室壁瘤切除术不失为治疗室性心律失常的一项有效举措。
近年来，可植入性心脏复律除颤器(ICD)已用于治疗锥虫病所致的顽固性室性心动过速，少数病例的临床实践证实确有疗效，其主要适应证为心脏性猝死后的存活者，且其心律失常不能由程序性心室电刺激诱发，也不能为药物治疗所控制。
2、传导阻滞的起搏治疗：传导阻滞是本病常见合并症之一，已有相当多的病人植入了永久性心脏起搏器，积累了较丰富的经验。有症状的病人，尤其病程长者往往可从起搏治疗中获益。故高度或完全性房室传导阻滞病人均为永久起搏的适应证。窦房结功能障碍尽管亦很常见，但很少需行起搏治疗。
三、充血性心力衰竭的治疗
充血性心力衰竭的治疗发生充血性心力衰竭者，预后往往不良。心衰症状明显者可常规应用利尿药、血管扩张药和洋地黄类制剂，但尚无药物治疗心力衰竭可明显改善本病预后。
关于ACEI治疗锥虫病心力衰竭的效果，有研究表明，晚期锥虫病性心肌病病人应用卡托普利能降低神经内分泌的活性，减少非致死性心律失常。但该研究病例数较少，仅供参考。亦有研究发现，长期应用此类制剂并不能改善该病预后，这可能是因为此类药物并不能预防心律失常所致的死亡。目前多数学者认为，ACEI是治疗锥虫性心脏病合并有症状性充血性心力衰竭的重要和有益的手段，值得提倡和推荐。
四、抗凝治疗
本病血栓栓塞合并症的发生率很高，故应长期应用抗凝治疗，尤其适用于左心室功能障碍或有左心室室壁瘤者。
五、免疫抑制治疗
免疫抑制治疗动物实验发现，应用免疫抑制药往往伴有锥虫血症的增加和慢性感染症状的再现。国外对本病早期行心脏移植和动物实验研究表明，应用免疫抑制药后尽管多数病人采用了预防性抗锥虫治疗，但仍会导致疾病的再现。此种感染常呈突发性，并伴特征性的皮肤损害和中枢神经系统病变。在活检的心内膜心肌标本中常可找到锥虫。由此可见，虽然本病的心脏损害可能有免疫机制参与，但免疫抑制疗法并非是有效和安全的。对于急性再现病例，一般可采用短程呋喃西林(硝基呋喃腙)制剂或苯硝唑治疗，反应良好。但由于这些药物毒性较大，多数专家主张仅用于心内膜心肌活检或临床所见锥虫病再现的心脏移植病人。长期随访结果显示预后尚好，仅少数病人发生B淋巴细胞增殖性疾病或其他恶性肿瘤。