一、抗锥虫治疗
1、呋喃西林(硝基呋喃腙)制剂：长程给药有一定疗效。儿童急性期口服剂量每天25mg/kg，连续15天，继以每天15mg/kg，连续75天，全疗程90天。儿童慢性期前15天剂量同上，继以每天15～18mg/kg，连续105天，全疗程120天。由于该药有胃肠道反应，因而使有的病人难以完成全疗程治疗。
2、苯硝唑(benzonidazole)：成人每天5mg/kg，口服，连续60天。该药与呋喃西林(硝基呋喃腙)制剂均可引起白细胞减少和多发性神经炎，应予注意。
3、伯氨喹：可明显降低急性期病人的锥虫血症，但不能完全清除之；对慢性期病人无效。
二、抗心律失常治疗
1、室性心律失常：防治严重室性心律失常及其所致的死亡是本病重要的治疗目标，但往往不易奏效。尽管各种抗心律失常药已广泛用于本病，但迄今仍缺少大样本和设计良好的临床资料证实哪类药物可降低猝死，改善预后。有人用电生理检查对病人进行危险性分层，并指导抗心律失常药物的选择，能减少其心律失常的发生，延长生存时间，适用于有症状的或高度复杂的室性心律失常，或两者兼有的病人，但目前只有29％的患者采用此法，且有些病人仍不能筛选出有效的药物，使其临床应用受到较大限制。对这类病人可能需要采用经验性药物治疗。胺碘酮是治疗本病最有效的抗心律失常药物，能显著减少室性心律失常的严重性和复杂性，且病人对该药耐受良好，但该药或其他抗心律失常药物能否降低总死亡率目前尚不清楚。顽固性室性心律失常往往与左心室室壁瘤形成密切相关。如室壁瘤较局限且左心室功能尚可，则室壁瘤切除术不失为治疗室性心律失常的一项有效举措。
近年来，可植入性心脏复律除颤器(ICD)已用于治疗锥虫病所致的顽固性室性心动过速，少数病例的临床实践证实确有疗效，其主要适应证为心脏性猝死后的存活者，且其心律失常不能由程序性心室电刺激诱发，也不能为药物治疗所控制。