北京骨科医院特色专科突出、科室设置齐全，重点开设了骨科、运动康复等特色科室，实现骨科亚专业全覆盖。特色科室包括脊柱外科、关节外科、运动医学、小儿骨科、手外科、足踝、骨肿瘤等。为了满足患者的需求，同时开设口腔、中医、全科等相关科室。在辅助检查方面，医院开设了放射、检验、B超、CT、核磁、肺功能等带有辅助检查的科室。