衣原体衣原体肺炎的病原为肺炎衣原体。肺炎衣原体常在儿童和成人中产生上呼吸道和呼吸道感染。现仅知人是该衣原体宿主，感染方式可能为人与人之间通过呼吸道分泌物传播。
1、沙眼衣原体肺炎
胸片显示双侧广泛间质和肺泡浸润过度充气征比较常见偶见大叶实变周围血白细胞计数一般正常嗜酸性粒细胞增多从鼻咽拭子一定要刮取到上皮细胞也可用直接荧光抗体试验(DFA)酶免疫试验(EIA)检测鼻咽标本沙眼衣原体抗原血清学检查特异性抗体诊断标准为双分血清抗体滴度4倍以上升高或IgM>1：32IgG>1：512也可应用PCR技术直接检测衣原体DNA。
2、鹦鹉热衣原体肺炎
胸部X线检查从肺门向周边特别向下肺野可见毛玻璃样阴影中间有点状影周围血白细胞数正常血沉在患病早期稍增快肺泡渗出液的吞噬细胞内可查见衣原体包涵体轻症患儿3～7d发热渐退中症8～14d重症20～25d退热病后免疫力减弱可复发有报道复发率达21％再感染率10％左右。
3、 肺炎衣原体肺炎
白细胞计数正常胸片无特异性多为单侧下叶浸润表现为节段性肺炎严重者呈广泛双侧肺炎病原学检查与沙眼衣原体肺炎一样从气管或鼻咽吸取物做细胞培养肺炎衣原体阳性或用荧光结合的肺炎衣原体特异性单克隆抗体来鉴定细胞培养中的肺炎衣原体PCR检测肺炎衣原体DNA较培养更敏感但用咽拭子标本检测似不够理想不如血清学检测肺炎衣原体特异性抗体微量免疫荧光(MIF)试验检测肺炎衣原体仍最敏感特异性IgM抗体≥1：16或IgM抗体≥1：512或抗体滴度4倍以上增高有诊断价值。