亚临床甲状腺功能减退症的检查包括激素测定、血液检查、心电图检查等，其具体检查方法如下所述。
1、激素测定：亚临床甲减血清游离甲状腺素（FT4）、血清游离三碘甲腺原氨酸（FT3）正常（或FT4轻度下降，轻型甲减、甲减初期多以FT4下降为主，FT4较FT3敏感），血清高敏促甲状腺激素（sTSH）和超敏促甲状腺激素（uTSH）升高。血清促甲状腺激素正常参考范围为0.45～4.5mU/L，如sTSH≥5.0mU/L，应加测FT4、甲状腺过氧化物酶抗体（TPO-Ab）和甲状腺球蛋白抗体（TGAb），以早期明确亚临床甲减或自身免疫性甲状腺疾病的诊断。亚临床甲减存在持续高滴度的TGAb、TPO-Ab或TSH结合抑制性免疫球蛋白（TBⅡ）预示日后进展为临床型甲减的可能性大。
2、血液成分测定：可伴轻、中度正常细胞正常色素性贫血；血总胆固醇（TC）常升高，高密度脂蛋白胆固醇（HDL-C）降低，三酰甘油（TG）和低密度脂蛋白胆固醇（LDL-C）、载脂蛋白B（Apo-B）、同型半胱氨酸（Hcy）、血胡萝卜素、血谷草转氨酶（AST）、乳酸脱氢酶（LDH）和肌酸磷酸激酶（CPK）增高。偶见低糖血症，血泌乳素（PRL）可升高。
3、心电图改变：可有低电压、窦性心动过缓、T波低平或倒置、P-R间期延长、房室分离、Q-T间期延长等异常。心肌收缩力和射血分数下降，左室收缩时间延长。
4、甲状腺核素扫描：是寻找异位甲状腺（舌骨后、胸骨后、纵隔内甲状腺，卵巢甲状腺等）的最佳方法，先天性一叶甲状腺缺如者的对侧甲状腺因功能代偿而显像增强。核素扫描对甲状腺和甲状腺结节的功能评价亦有一定意义。
5、分子生物学检查：先天性甲减、家族性甲减的病因诊断有赖于分子生物学检查。可根据临床需要选择相应的分析方法。
6、病理检查：必要时可通过活检或针吸穿刺取甲状腺组织或细胞做病理检查协助诊断。