由于原发性胆汁性肝硬化（PBC）可能与自身免疫有关，所以本病的并发症有以下几种：
1、皮肤瘙痒
目前对皮肤瘙痒尚无经典有效的治疗方法。口服阴离子交换树脂消胆胺是治疗皮肤瘙痒的一线药物。如果病人不能难受消胆胺的副反应，利福平可作为二线用药。利福平可以很好控制PBC的瘙痒症状，但其并非对所有病人均有效。其效果常在用药1个月后才显著。利福平可能通过改变肝细胞内胆酸的内环境以及改善PBC病人的生化指标，达到止瘙作用。Nalmephene、Naltrexone等鸦片类药物可用于对消胆胺和利福平无效的病人。还有许多其它方法(如紫外线、光照和血浆驱除疗法等)用于PBC瘙痒症状的控制，但均没有通过正规的临床实验予以证实。对不能控制的顽固性瘙痒可进行肝移植手术。
2、骨质疏松
明确PBC诊断后即应定期检测骨密度，以后每2年随访一次。教育病人养成良好的生活习惯(如正常作息、戒烟)，并可补充维生素D和钙。绝经期后女性病人推荐应用激素替代疗法，并最好通过皮肤给药。如果骨质疏松很明显，可应用biophosphonate治疗。
约11％的PBC患者有骨质疏松。补充钙和维生素D可防止脱钙,推荐剂量分别是1000～1200mg/d和25000～50000IU,每周2～3次。近来研究发现,雷洛昔芬可阻止骨丢失,降低血清胆固醇。60mg/d,连续服用1年,可提高腰椎骨无机质密度(LS2BMD),无肝毒性。另外,阿伦磷酸盐可有效增加骨量。
3、SICCA综合症
对所有PBC的病人均应询问干眼、口腔干燥和吞咽困难等症状的有无，女性病人还要询问有无性交困难，如有则应给予相应的治疗措施。
4、雷诺综合症
对于寒冷地区的病人，雷诺综合症的处理是一个棘手问题，病人应避免将手和脚暴露于寒冷的环境中，吸烟者应戒烟。必要时可应用钙离子拮抗剂，但有可能会加重食管下段括约肌功能不全。
5、门脉高压症
PBC病人可在肝硬化前发展为窦前性门脉高压，肝硬化病人的门脉高压的处理同其它类型的肝硬化。但β受体阻滞剂对于非肝硬化性窦前性门脉高压的疗效有待证实，必要时可考虑进行分流手术。建议PBC第一次明确诊断时即应筛查有无食管胃底静脉曲张的存在，其后2年复查一次。如发现存在静脉曲张，即应采取措施防止出血。
6、脂溶性维生素缺乏
高胆红素血症可以并发脂溶性维生素缺乏和钙质吸收不良，在无黄疸病人，对其脂溶性维生素水平和口服补充的价值知之甚少。脂溶性性的维生素补充最好以水溶性的形式给予。每月皮下注射维生素K可以矫正继发于维生素K缺乏所致的凝血病。
7、甲状腺疾病
甲状腺疾病可以影响约15％~25％的PBC的病人，它通常在PBC病人起病前即可存在。建议在病人诊断为PBC时，应测定其血清甲状腺激素的含量，并定期检查。