肾及输尿管结石的治疗要根据结石大小、部位、数目、形状、一侧或两侧，有无尿流梗阻、伴发感染、肾功能受损程度、全身情况以及治疗条件等进行具体分析，全面考虑。但当绞痛发作时，首先应该使症状缓解，而后再选择治疗方案。
一、肾绞痛的处理
1、解痉止痛。
2、指压止痛。
3、皮肤过敏区局部封闭。
4、针刺疗法。
二、非手术疗法
非手术疗法一般适合于结石直径小于1厘米、周边光滑、无明显尿流梗阻及感染者，对某些临床上不引起症状的肾内较大鹿角形结石，亦可暂行非手术处理。
1、大量饮水：增加尿量冲洗尿路、促进结石向下移动，稀释尿液减少晶体沉淀。
2、中草药治疗。
3、针刺方法：增加肾盂、输尿管的蠕动，有利于结石的排出。
4、经常作跳跃活动，或对肾盏内结石行倒立体位及拍击活动，也有利于结石的排出。
5、其它：对尿培养有细菌感染者，选用敏感药物（奥复星，灭滴灵）积极抗感染，对体内存在代谢紊乱者，应积极治疗原发疾病以及调理尿的酸碱度等等。
三、体外冲击波碎石。
四、手术疗法
结石引起尿流梗阻已影响肾功能、或经非手术疗法无效，无体外冲击波碎石条件者，应考虑手术治疗。
术前准备：术前必须了解双侧肾功能情况，有感染者先用抗菌素控制感染。输尿管结石患者在进手术室前或在手术台上术前摄尿路平片作结石的最后定位。
手术方式：根据结石大小、形状和部位不同，常用的有以下几种手术方式：
1、肾盂或肾窦切开取石术：切开肾盂、取出结石，鹿角状结石或肾盏结石，有时须作肾窦内肾盂肾盏切开取石。