日本血吸虫病西医治疗可分为病原学治疗和对症治疗，具体如下：
1、病原学治疗 我国曾先后采用过酒石酸锑钾等锑剂，呋喃丙胺、六氯对二甲苯(血防846)与硝硫氰胺等抗血吸虫药物，在不同时期取得一定疗效，但上述药物均有较重的毒副作用，现在废用。目前我国普遍推广吡喹酮治疗。
吡喹酮为朵环的吡嗪并异喹啉药物，无色、无臭、结晶粉末，味苦，有吸湿性，但理化性质稳定。溶于氯仿与二甲亚砜，微溶于乙醇，不溶于水。动物实验证明它对各种血吸虫均有杀虫作用。血吸虫与药物接触后立刻发生痉挛性麻痹，迅速转移至肝脏。本药对血吸虫皮层产生显著损伤，使表皮细胞肿胀突起，继而出现许多球状或泡状物，溃破、糜烂与剥落，白细胞吸附其上，并侵入虫体，引起死亡。但本药对移行期童虫无杀虫作用。我国目前应用的吡喹酮是左旋吡喹酮与右旋吡喹酮各半组成的混旋体。左旋吡喹酮是其主要杀虫成分，而右旋吡喹酮几乎无效，而且毒性较大。
药代动力学研究证明，吡喹酮口服后，80％药物从肠道迅速吸收。血药浓度于2h左右达高峰。血清中生物半衰期为1～1.5h。门静脉血药深度较外周血液高l0倍以上。吡喹酮主要在肝内代谢，与葡萄糖醛酸或硫酸结合，其代谢产物无杀虫作用。肝脏对吡喹酮有很强的首次通过效应，本药在系统循环血液中浓度显著降低，其代谢产物于24h内大部分从肾脏排泄，在体内无积蓄作用。吡喹酮毒性低，治疗剂量对心血管系统、肝、肾、造血器官与神经组织均无损害，并且证明无突变、致畸胎与致癌作用。适用于各期各型血吸虫病患者。
吡喹酮治疗血吸虫病的剂量与疗程：①慢性血吸虫病：住院成年患者总剂量为60mg/kg体重(体重以60kg为限)，10mg/(kg·次)，3次/d，连续2天。儿童体重<30kg者，总剂量为70mg/kg。近年来在现场大规模治疗，轻流行区用40mg/kg体重，一剂疗法;重流行区用50mg/kg体重，1天等分2次口服，也取得满意效果。左旋吡喹酮治疗慢性血吸虫可采用吡喹酮一半的剂量。②急性血吸虫病：成人总剂量为120mg/kg体重，每日剂量分2次或3次服用，4～6天疗法。一般病例可采用每次10mg/kg体重，3次/d，连续4天。③晚期血吸虫病：根据药代动力学研究，晚期血吸虫病患者口服常规吡喹酮剂量后，药物在肝脏内首次通过效应差，而且药物由门静脉侧支循环直接进入体循环，故血浓度较高，药物半衰期明显延长，故以适当减少总剂量或延长疗程为宜，否则有引起严重心律紊乱的可能。