获得性免疫缺陷综合征的心血管损害的治疗应包括两方面：抗病毒、抗感染及抗肿瘤治疗；重建或恢复已被破坏的细胞免疫。其具体治疗方法如下所述。
一、抗病毒治疗
用于治疗人体免疫缺陷病毒（HIV）感染的药物有三大类：核苷类反转录酶(RT)抑制剂、非核苷类RT抑制剂和蛋白酶抑制剂。
二、抗感染及肿瘤的治疗
1、治疗卡氏肺孢子虫病（PCP）可以采用复方新诺明(SMZ-TMP)或喷他脒(戊烷脒)，但获得性免疫缺陷综合征（AIDS）患者患PCP时不易痊愈，病原学检查持续阳性，患者常于治疗结束后10～14天复发。
2、隐球菌病的治疗亦甚困难，因大多数患者的白细胞均见减少，故不能采用氟胞嘧啶治疗。两性霉素B的剂量为0.3～0.6mg/(kg.d)，总量2～3g，治疗期间症状可缓解，血液及脑脊液隐球菌培养阴转，但停药后立即复发。酮康唑或氟康唑亦可选用。
3、鸟型分枝杆菌对异烟肼及利福平等抗结核药物均耐药，体外试验提示环桥类抗生素及抗麻风药氯法齐明有抑制该菌的作用。
4、鸦片酊、地芬诺酯(氰苯哌酯)、考来烯胺(消胆胺)等可缓解隐孢子虫病引起的腹泻症状。前列腺素抑制剂如吲哚美辛和奈普生可减少腹泻量。
5、磺胺嘧啶、乙胺嘧啶、螺旋霉素、克林霉素对部分弓形体感染有效。最近证明嘌呤类似物氯氟苄腺嘌呤对治疗弓形体有效。
6、疱疹病毒感染宜选用阿昔洛韦(无环鸟苷)治疗。巨细胞病毒感染可选用阿昔洛韦或齐多夫定治疗。
7、对于局限性的卡波西肉瘤可采用放射治疗，对少数孤立病变可行外科切除，累及浅、深淋巴结可试用60Co治疗。病变广泛者可选用氮芥、长春新碱、博莱霉素、多柔比星(阿霉素)、糖皮质激素等治疗。
三、免疫调节治疗