（2）内源性代谢途径：
①极低密度脂蛋白（VLDL）代谢：VLDL是由肝脏合成，其主要脂类为肝脏合成的三酰甘油，脂质原料来源于吸收的CM以及糖类物质在肝脏中的转化和脂肪组织动员出来的游离脂肪酸，甘油，VLDL中的胆固醇除来自CM残粒外，肝脏自身亦合成一部分，VLDL的ApoB100全部在肝脏内合成，VLDL的合成大体上可分为两个主要的步骤：第1步是VLDL前体合成，第2步是VLDL前体转化为成熟的VLDL，现在认为VLDL前体的合成受微粒体三酰甘油转运蛋白（MTP）的调节，故有关MTP的基因变异是目前血脂代谢基础研究的热点，有研究报告MTP抑制剂具有强效的降脂作用，对胆固醇和三酰甘油的降低作用可能大于他汀类药物，并很可能还具有降低Lp（a）作用。
VLDL刚分泌进入血液循环时，含有极少量的胆固醇酯，而大量的胆固醇酯则来源于HDL，这是由于血液中存在有胆固醇酯转移蛋白（CETP），后者的生理功能是将HDL中胆固醇酯转移到其他类脂蛋白（主要是VLDL）。
源性三酰甘油是在肝脏中合成的，其最重要的底物是游离脂肪酸，流经肝脏的血液中游离脂肪酸含量增加或肝脏自身合成的游离脂肪酸增加，都可加速肝脏合成和分解VLDL。
VLDL分解代谢的初始阶段类似于CM，即从HDL中获ApoCⅡ后，大量的三酰甘油被存在于周围组织毛细血管床中的LPL水解，释放出游离脂肪酸，VLDL颗粒逐渐缩小，ApoC和ApoE又转移到HDL颗粒中去，ApoB100保留在VLDL颗粒中，残留在血液中的颗粒称为VLDL残粒（亦有人称之为IDL）。
②中间密度脂蛋白（IDL）代谢：IDL是由VLDL转变而来，IDL在体内的分解代谢迅速，因此正常情况下血浆中IDL浓度很低，大约1/2的IDL被LDL受体直接分解代谢，由于IDL含有丰富的ApoE，而LDL受体对ApoE的亲和力远大于ApoB100，所以IDL是因ApoE与LDL受体相结合而被肝脏摄取，分解代谢释放出脂质，另1/2的IDL则转变为LDL，这一过程需要有肝脂酶（HL）和ApoE的参与，但其确切机制尚不十分清楚。