慢性非细菌性前列腺炎应采取综合治疗。治疗目标主要是缓解疼痛、改善排尿症状和提高生活质量。
1、一般治疗
健康教育、心理和行为辅导有积极作用。患者应戒酒，忌辛辣刺激食物；避免憋尿、久坐，注意保暖，加强体育锻炼。
2、药物治疗
最常用的药物是抗生素、α-受体阻滞剂、植物制剂和非甾体抗炎镇痛药，其他药物对缓解症状也有不同程度的疗效。
（1）抗生素：在治疗慢性非细菌性前列腺炎的临床实践中，最常用的一线药物是抗生素，但是只有约5％的慢性前列腺炎患者有明确的细菌感染。
①炎症型抗生素治疗大多为经验性治疗，理论基础是推测某些常规培养阴性的病原体导致了该型炎症的发生。因此，推荐先口服氟喹诺酮等抗生素2～4周，然后根据疗效反馈决定是否继续抗生素治疗。只在临床症状确有减轻时，才建议继续应用抗生素。推荐的总疗程为4～6周。
②非炎症型不推荐使用抗生素治疗。
（2）α-受体阻滞剂：α-受体阻滞剂能松弛前列腺和膀胱等部位的平滑肌而改善下尿路症状和疼痛，因而成为治疗慢性前列腺炎的基本药物。
可根据患者的情况选择不同的α-受体阻滞剂。推荐使用的α-受体阻滞剂主要有多沙唑嗪、萘哌地尔、坦索罗辛和特拉唑嗪等，对照研究结果显示上述药物对患者的排尿症状、疼痛及生活质量指数等有不同程度的改善。
（3）植物制剂植物制剂：在慢性前列腺炎中的治疗作用日益受到重视，为推荐的治疗药物。植物制剂主要指花粉类制剂与植物提取物，其药理作用较为广泛，如非特异性抗炎、抗水肿、促进膀胱逼尿肌收缩与尿道平滑肌松弛等作用。推荐使用的植物制剂有：普适泰、沙巴棕及其浸膏等。由于品种较多，其用法用量需依据患者的具体病情而定，通常疗程以月为单位。不良反应较小。
（4）非甾体抗炎镇痛药：非甾体抗炎镇痛药是治疗慢性非细菌性前列腺炎相关症状的经验性用药。其主要目的是缓解疼痛和不适。
（5）M-受体阻滞剂：对表现如尿急、尿频和夜尿但无尿路梗阻的前列腺炎患者，可以使用M-受体阻滞剂（如托特罗定等）治疗。
（6）抗抑郁药及抗焦虑药：对合并抑郁、焦虑等心境障碍的慢性前列腺炎患者，在治疗前列腺炎的同时，可选择使用抗抑郁药及抗焦虑药治疗。这些药物既可以改善患者心境障碍症状，还可缓解排尿异常与疼痛等躯体症状。应用时必须注意这些药物的处方规定和药物不良反应。可选择的抗抑郁药及抗焦虑药主要有选择性5-羟色胺再摄取抑制剂、三环类抗抑郁剂等药物。
3、其他治疗
（1）前列腺按摩：前列腺按摩是传统的治疗方法之一，研究显示适当的前列腺按摩可促进前列腺腺管排空并增加局部的药物浓度，进而缓解慢性前列腺炎患者的症状，故推荐为慢性非细菌性前列腺炎的辅助疗法。
（2）生物反馈治疗：研究表明慢性前列腺炎患者存在盆底肌的协同失调或尿道外括约肌的紧张。生物反馈合并电刺激治疗可使盆底肌松弛，并使之趋于协调，同时松弛外括约肌，从而缓解慢性前列腺炎的会阴部不适及排尿症状。
（3）热疗：主要利用多种物理手段所产生的热效应，增加前列腺组织血液循环，加速新陈代谢，有利于消炎和消除组织水肿，缓解盆底肌肉痉挛等。短期内有一定的缓解症状作用，但长期效果不明确。对于未婚及未生育者不推荐使用。
（4）前列腺注射治疗：经尿道前列腺灌注治疗疗效与安全性均为得到证实。