由于肠息肉一般没有临床症状，即使有，症状也没有特异性，因此，肠息肉的确诊主要依赖特殊的器械检查。临床常用的有各种消化道内镜，X线消化道造影，CT扫描等等。
1.电子结肠镜：这是对结肠息肉最主要的检查方法，事实上大部分结肠息肉是在结肠镜检查过程中偶然发现的。结肠镜从肛门置入，可以检查全部结肠以及终末端的小肠（末端回肠）。在结肠镜下，可以清晰的观察肠道的黏膜面，对隆起的息肉非常敏感，小到几个毫米的息肉都能够发现。随着消化内镜技术的不断进步，医生不仅可以发现结肠息肉，而且可以发现息肉，而且能够对息肉的类型进行初步判断。对于结肠息肉，最重要的是鉴别具有癌变倾向的腺瘤性息肉和不会癌变的非腺瘤性息肉。日本医生工藤提出了结肠息肉分型方法，已经广泛应用到临床。根据这种分型，在染色内镜、放大内镜等先进技术的帮助下，医生已经可以通过内镜比较准确的判断息肉的类型，从而给以相应的治疗。在结肠镜下，可以通过活检而确诊息肉的病理性质。结肠镜检查不仅仅可以诊断息肉，而且是治疗息肉的重要手段。
2.胶囊内镜和小肠镜：小肠息肉非常罕见，常常因为腹痛或便血等症状在进行胶囊内镜或者小肠镜检查中发现的。胶囊内镜是受检者通过口服内置摄像与信号传输装置的智能胶囊，在消化道内运动并拍摄图像进行肠道检查的方法，主要用来诊断小肠疾病。胶囊内镜检查病人无痛苦，对大部分患者都可以完成全部小肠黏膜的观察，对于小肠疾病的诊断具有重要价值。小肠镜与结肠镜类似，可以观察小肠黏膜，并且可以对病变部位进行活检，确定诊断。
3.X线消化道造影: 是指用硫酸钡作为造影剂，在X线照射下显示消化道有无病变的一种检查方法，主要有消化道钡餐检查和钡灌肠两种方法。消化道钡餐检查时患者口服硫酸钡，主要用来检查食管、胃和小肠，钡灌肠时医生把硫酸钡从肛门灌入，主要用来检查结肠。X线检查仅仅能够发现一部分比较大的息肉。但是相对消化内镜检查，优点是安全，并发症少，而且病人因检查带来的不适比较轻微。
4.其他：随着临床诊断技术的不断进步，现在还出现了CT仿真结肠镜，正电子发射断层扫描（PET)等技术，也可以发现比较大的肠息肉。并对息肉的性质作出不同程度的判断。