(7)小肠结肠炎：巨结肠根治术后发生小肠结肠炎者占10％～18％，其原因尚未完全明了，学者们认为与狭窄段痉挛梗阻、细菌繁殖毒素侵蚀肠黏膜以及免疫功能异常有关。小肠结肠炎可发生于围手术期或数月以后，特别是术前已有结肠炎者术后更易发生。一旦出现小肠结肠炎症状：患儿腹泻、稀臭水样粪便、腹胀、发热，应及时给予广谱抗生素静脉滴注、纠正酸中毒及脱水，必要时亦可给予庆大霉素、甲硝唑、泼尼松保留灌肠。严重的小肠结肠炎常可引起败血症、脱水、休克及DIC死亡。
近年来时有报道根治术后合并缺血性坏死性肠炎，发病率约为4.5％，预后凶险，病死率更高。检查患儿多有腹胀、肠型、大便稀臭合并有鲜血排出。纤维结肠镜检：常可见黄豆大小溃疡。
假膜性肠炎是根治术后肠炎的另一类型，病死率高达50％。患儿大便培养可发现顽固性梭状芽孢杆菌，作血清或大便毒素检查多呈阳性。结肠镜检，见肠壁出现大量黄色假膜斑块，斑块多在黏膜腺开口处，由多形核中性粒细胞及纤维蛋白渗出物组成。其有效治疗方法是口服或静脉给予万古霉素50～100mg/(kg·d)或甲硝唑，常用广谱抗生素无益且有害。
(8)术后肠梗阻根治术后发生肠梗阻约占9.6％～12.7％，引起梗阻的原因多为术后肠粘连，极少数为术后肠套叠。肠管大量切除后，腹膜创面暴露，易引起粘连，关腹时应将其腹膜化。肠系膜根部缺损应仔细封闭，以防形成内疝。肠管整理检查有无憩室等。当结肠大量切除时应注意肠系膜勿旋转扭曲。早期出现症状者给予保守治疗：胃肠减压、禁食、中药灌胃等，多数可以达到缓解症状而治愈，需剖腹探查者极少。术后晚期出现梗阻者，如保守治疗无效应及时手术。
(9)污粪、失禁：巨结肠术后早期发生污粪失禁高达30％～40％，患儿排稀便时常常有少量粪便污染内裤，尤其是夜晚熟睡，粪水溢出污染被褥。轻者偶有发生，重者每晚出现。甚至肛门失禁，失去控制能力。污粪多数在半年后好转，1年左右痊愈。晚期仍有污粪者占20.5％，失禁约10％。引起这一并发症的原因，主要在于切除括约肌过多，通常切除1/2或者更多。内括约肌切除过多容易发生污粪，相反保留过多，又可出现内括约肌痉挛便秘复发，究竟切除多少为恰当，临床医师难以掌握。国外学者亦有同感。因此笔者改用直肠肛管背侧纵切，心形斜吻合术。既全部保留了括约肌功能，又彻底解除内括约肌痉挛，有效地防止了上述并发症的发生。