一般从临床看，孢子丝菌病查菌及血清学检查就可以鉴别。我们也可以根据病人提供的病史中的外伤史；工作中有一些与土壤、木材、植物、仙人掌等接触史；临床表现有典型皮损等进行相应的诊断。病原学检查孢子丝菌病可分为两个步骤，直接镜检和细菌培养。
病原学检查：
（1）直接镜检：取痰液、脓液或活检组织直接涂片，作革兰染色或PAS染色，在多核细胞内或大单核细胞内或细胞周围，可见有革兰染色阳性、圆形或梭形，直径2～5μm小孢子。偶见菌丝及星形体。
（2）细菌培养：
①葡萄糖蛋白胨琼脂培养基上，室温下，即有菌体生长。6天后菌落0.5cm直径大小，呈灰褐色膜状菌落，微高于培养面。10后菌落达1.5～2.0cm直径，表面分3带，边缘为膜状白色晕；中带为暗褐色；中央隆起，有皱褶，高低不平，间有少数成刺状菌丝。2周的菌落呈黑褐色，边缘有下沉现象。取材检查时，菌落黏性很大，不易取出。镜检可见直径2μm的细长分隔菌丝。分生孢子柄从菌丝两侧长出，与菌丝成直角，在顶端有3～5成群梨形小分生孢子（2～4）μm×（2～6）μm大小，排列成梅花样。
②胱氨酸葡萄糖血琼脂或脑心浸液葡萄糖血琼脂基上，37℃培养，呈白色菌落，镜检为圆形或梭形孢子，有时出芽，革兰染色阳性。
③电镜检查显示圆形或卵圆形小孢子和细长分隔菌丝孢子，电子密度高，呈辐射形状，中心暗，外套附于细胞壁外侧。菌体细胞壁为中等电子密度，胞质呈微细颗粒状，内有线粒体，内质网和空泡。出芽方式为内分芽型，双相性移行时菌丝机械性断裂为菌丝断片，分生孢子形成上具有多形性。菌丝相中，可见假轴状分生孢子柄，并形成多个顶生分生孢子。
通过检查，发现有以上这些现象，便说明是孢子丝菌病。