对于阿米巴结肠炎，粪便检查是确诊的重要依据。在病人的新鲜粪便中，特别是在血性黏液处仔细寻找阿米巴原虫，一旦找到了活动的吞噬有红细胞的溶组织阿米巴滋养体，即可确诊。一次未找到，应重复多次检查并争取做细菌及阿米巴培养。镜检时应注意保温，否则阿米巴滋养体不活动，不易和巨噬细胞区别。乙状结肠镜检查对诊断，特别是鉴别诊断很有帮助。急性期可看到其烧瓶样溃疡，溃疡间黏膜正常。慢性期可看到肠黏膜增生肥厚、肉芽肿及息肉等，可在病变处取活体组织送病理检查，进一步确定其性质。
实验室检查
粪便检查是确诊的重要依据。发现病原体后尚需鉴别非致病性阿米巴原虫。目前血清学检查发展很快，是诊断阿米巴病的关键性实验，大约有90％的患者血清，可通过ELISA、间接血凝及间接免疫荧光等检测不同滴度的抗体。PCR诊断技术为十分有效、敏感及特异的方法。WHO专门委员会建议，镜下检获含四核的包囊，应鉴定为溶组织内阿米巴或迪斯帕内阿米巴；粪中检测含红细胞的滋养体，应高度怀疑为溶组织内阿米巴；血清学检查高滴度阳性，应高度怀疑为溶组织内阿米巴感染。阿米巴病仅由溶组织内阿米巴引起。
其他辅助检查
1、结肠镜检查对那些显微镜检查、血清学及PCR检查均未获阳性结果，而临床高度怀疑的病例，可行结肠镜检查或纤维肠镜检查。约2/3有症状病例中，直肠和乙状结肠黏膜可见大小不等的散在溃疡，表面覆有黄色脓液，边缘略突出，稍充血，溃疡与溃疡之间的黏膜正常。从溃疡面刮取材料作镜检，发现滋养体机会较多。
2、X线钡剂灌肠检查病变部有充盈缺损、痉挛及壅塞现象。此种发现虽无特异性，但有助于阿米巴瘤与肠癌的鉴别。