重症肺炎并呼吸衰竭的病因主要包括细菌感染、病毒感染、真菌感染、误吸以及免疫功能低下等。这类疾病通常由肺部感染加重导致肺功能严重受损，进而影响气体交换引起。
细菌感染是重症肺炎并呼吸衰竭的常见病因，肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌等病原体均可引起。细菌通过呼吸道侵入肺部后大量繁殖，导致肺泡和肺间质出现炎症反应，炎症介质释放造成肺组织损伤。随着病情进展，肺部炎症范围扩大，肺泡通气功能下降，最终可能发展为呼吸衰竭。患者可能出现高热、咳嗽、咳脓痰等症状，严重时伴有呼吸困难、发绀等表现。
流感病毒、呼吸道合胞病毒、腺病毒等均可引发重症病毒性肺炎。病毒感染可直接损伤呼吸道上皮细胞，破坏呼吸道防御屏障，同时引发过度免疫反应。细胞因子风暴导致肺泡毛细血管通透性增加，大量炎性渗出物填充肺泡腔，严重影响氧合功能。病毒性肺炎进展迅速，部分患者可在短时间内出现急性呼吸窘迫综合征，需要机械通气支持。
曲霉菌、隐球菌、肺孢子菌等真菌感染多见于免疫功能低下患者。真菌通过呼吸道进入肺部后，可在肺组织内形成侵袭性病变，导致肺实质破坏和炎症反应。真菌性肺炎往往起病隐匿但进展迅速，肺部影像学可见结节、空洞等特征性改变。随着真菌在肺内扩散，肺功能逐渐恶化，最终可能因严重低氧血症导致呼吸衰竭。
误吸胃内容物或口腔分泌物也是重症肺炎的重要诱因。误吸物中的胃酸、消化酶和细菌可直接损伤肺组织，引发化学性肺炎和细菌性肺炎。老年人、意识障碍患者、吞咽功能障碍者容易发生误吸。误吸后肺部迅速出现炎症反应和水肿，影响气体交换，严重时可导致急性呼吸窘迫综合征。患者常表现为突发呼吸困难、低氧血症和肺部广泛浸润影。