支原体肺炎的典型症状包括阵发性刺激性干咳、低至中度发热、咽痛头痛等。症状发展通常经历早期呼吸道刺激、进展期肺部感染、恢复期三个阶段，主要表现为咳嗽持续加重、胸骨后疼痛、乏力纳差、皮疹关节痛以及听诊闻及细湿啰音。
阵发性刺激性干咳是支原体肺炎最突出的症状，初期多为单声干咳，随病情进展转为持续性痉挛性咳嗽，夜间尤为明显。约半数患者伴随胸骨后灼痛，咳嗽可持续3-4周，与支原体直接损伤呼吸道上皮细胞及刺激神经末梢有关。痰液量少且黏稠，偶带血丝，不同于细菌性肺炎的脓痰表现。
80%患者出现37.5-39℃的中低度发热，热型不规则，持续1-2周。儿童可能出现40℃以上高热，成人多伴畏寒但罕见寒战。发热机制为支原体膜蛋白激活巨噬细胞释放白细胞介素-1等致热原，体温波动与病原体载量呈正相关。
约30%患者主诉胸骨后刺痛，咳嗽或深呼吸时加剧，系炎症累及胸膜所致。疼痛多呈局限性，不同于心肌缺血的放射痛。胸部CT可见支气管周围间质性浸润，严重者可出现少量胸腔积液，听诊可闻及细湿啰音或捻发音。
25%患者出现皮疹、多形性红斑等皮肤损害，儿童常见鼓膜炎或中耳炎。部分病例伴游走性关节痛，与免疫复合物沉积相关。极少数出现溶血性贫血尤其G6PD缺乏者或中枢神经系统症状，此时需考虑混合感染可能。
乏力、食欲减退等中毒症状较细菌性肺炎轻，但持续时间长。儿童多见恶心呕吐，成人常伴咽炎、鼻窦炎等上呼吸道症状。血常规显示白细胞正常或轻度升高，C反应蛋白升高程度与病情严重度相关。
支原体肺炎患者应保证每日2000毫升水分摄入，咳嗽期间可饮用蜂蜜水缓解咽喉刺激。恢复期推荐山药粥、百合银耳羹等润肺膳食，避免辛辣食物。保持每天30分钟温和有氧运动如八段锦，但急性期需卧床休息。卧室湿度建议维持在50%-60%，定期开窗通风。若咳嗽持续超过4周或出现咯血、呼吸困难，需及时复查胸部CT排除肺不张等并发症。