(三)脊髓灰质炎。
重症手足口病合并急性弛缓性瘫痪(AFP)时需与脊髓灰质炎鉴别。后者主要表现为双峰热，病程第2周退热前或退热过程中出现弛缓性瘫痪，病情多在热退后到达顶点，无皮疹。
(四)肺炎。
重症手足口病可发生神经源性肺水肿，应与肺炎鉴别。肺炎主要表现为发热、咳嗽、呼吸急促等呼吸道症状，一般无皮疹，无粉红色或血性泡沫痰；胸片加重或减轻均呈逐渐演变，可见肺实变病灶、肺不张及胸腔积液等。
(五)暴发性心肌炎。
以循环障碍为主要表现的重症手足口病病例需与暴发性心肌炎鉴别。暴发性心肌炎无皮疹，有严重心律失常、心源性休克、阿斯综合征发作表现；心肌酶谱多有明显升高；胸片或心脏彩超提示心脏扩大，心功能异常恢复较慢。最终可依据病原学和血清学检测进行鉴别。
六、重症病例早期识别
具有以下特征，尤其3岁以下的患者，有可能在短期内发展为危重病例，应密切观察病情变化，进行必要的辅助检查，有针对性地做好救治工作。
(一)持续高热不退。
(二)精神差、呕吐、易惊、肢体抖动、无力。
(三)呼吸、心率增快。
(四)出冷汗、末梢循环不良。
(五)高血压。
(六)外周血白细胞计数明显增高。
(七)高血糖。
七、处置流程
门诊医师在接诊中要仔细询问病史，着重询问周边有无类似病例以及接触史、治疗经过；体检时注意皮疹、生命体征、神经系统及肺部体征。
(一)临床诊断病例和确诊病例按照《传染病防治法》中丙类传染病要求进行报告。
(二)普通病例可门诊治疗，并告知患者及家属在病情变化时随诊。
3岁以下患儿，持续发热、精神差、呕吐，病程在5天以内应密切观察病情变化，尤其是心、肺、脑等重要脏器功能，根据病情给予针对性的治疗。