3、外周血AFP信使RNA(AFP mRNA)：有肝外转移的肝癌患者血清中AFP mRNA检测出率达46%～76%，与血清AFP水平和肿瘤大小无明显相关性，对肝细胞癌微小转移、复发的早期发现、指导治疗和判断预后有较大的意义，是预测肝癌转移和复发的有效指标之一。约10%的肝炎或肝硬化患者血清中可以检测出AFP mRNA;侵袭性操作可以引起肝癌细胞和肝细胞的医源性播散而出现AFP mRNA检测阳性;在分析结果时尚需排除能分泌AFP的其它肿瘤细胞存在和聚合酶链反应检测时的污染。
4、GGTⅡ：GGT对肝癌诊断的特异性较差，在良性肝病、胆道疾患及胰腺疾患中，GGT水平也升高。由于肝癌组织与正常肝组织产生的GGT糖链结构有所不同，GGT呈现多种同工酶。其中GGTⅠ、Ⅱ、Ⅱ′对肝癌是高度特异。徐志成等将聚丙烯酰胺凝酸电泳方法改进后，使GGTⅡ在肝癌和转移性肝癌患者血清中的阳性率为90%，其特异性97.1%，假阳性<5%。正常人和孕妇均为阴性。研究显示：
(1)GGTⅡ与GGT总活力之间无平衡关系，在其他肝、胆、胰疾患中，尽管GGT明显升高，但GGTⅡ水平很低，可用于肝癌诊断及其与良性肝病鉴别诊断。
(2)GGTⅡ与AFP并无明显相关性，在AFP低水平或阴性的肝癌患者，GGTⅡ检出率也较高，两者联合检测可以提高肝癌的检出率。GGTⅡ是肝癌早期诊断、鉴别诊断的有价值指标，可作为二线肝癌标志物。但在继发性肝癌患者中GGTⅡ也明显升高，不能与肝癌进行区别，但可对肝外肿瘤肝内转移做出预报。
5、异常凝血酶原(DCP)：DCP与凝血酶原的差别在于其氨基端特定位置上的谷氨酸残基未羧基化。肝癌细胞丧失羧化酶基因表达，凝血酶原的N-端谷氨酸残基不能羧基化，使去-DCP增加，DCP不能与Ca2+结合而无凝血活性。以酶联免疫吸附法测定 DCP≥250μg/L为标准，肝癌患者阳性率为69.4%，在AFP低浓度和AFP阴性肝癌患者中阳性率分别为68.3%和65.5%;良性肝病、转移性肝癌中的检出率<10%，目前认为DCP对肝癌诊断有较高的特异性，可作为二线肿瘤标志物。