一：肠道病毒感染临床表现复杂多样，加以健康人群粪便带病毒者不少，因此诊断必需十分慎重，一般要符合以下几点才能确诊。
1、从病人体液(胸水、心包液、脑脊液、血液、疱浆液等)或活检(或尸检)组织中分离出病毒有诊断价值，但单从咽拭或粪便中分离到病毒不能确诊。
2、疾病恢复期(起病后3～4周)血液中抗体效价较疾病早期有4倍或4倍以上增高，则有新近感染的可能。以中和抗体测定最为可靠。
3、临床上出现流行性肌痛、疱疹性咽峡炎、婴儿急性心肌炎、无菌性脑膜炎、急性流行性眼结膜炎等症候群。从咽拭子或粪便中重复分离到同一型病毒，且从周围同样疾病者中也检出相同的病毒，而病毒分离率远高于未接触病人的对照组，则有诊断的参考价值。
二、各系统疾病
(一)脑部
1、瘫痪性疾病自从广泛应用脊髓灰质炎疫苗后，发现肠道病毒引起的麻痹症不算少见，柯萨奇A7、9、10，B1～5，埃可4、6、9、11、14、30均可引起。但肠道病毒71为主要能引起流行性瘫痪的非脊髓灰质炎病毒。此病毒可引起乳鼠肌炎及猴发生瘫痪。上海也曾见到由柯萨奇病毒B1、B5型及埃可病毒9型引起的瘫痪病例。一般症状轻，很快恢复，极少留下后遗症，但大流行中也可遇到重症引起延髓麻痹者。有报告柯萨奇A2、5、6、9及埃可6、22型引起多发性神经根炎。
2、脑炎从夏季脑炎病例中也曾分离出柯萨奇病毒，甚至有人认为夏季脑炎中有15％系柯萨奇病毒引起。柯萨奇A2、5、7、9及B2、3、4均可引起脑炎，埃可4、6、9、11、30型也可引起，尤以埃可9型为多见。上海从夏季脑炎病例中，曾分离到柯萨奇病毒A9、和B3，以及埃可病毒3和9型，均证实为病原体。