肠道病毒引起的脑炎临床表现与乙脑相似，可有发热、神志障碍、惊厥、昏迷、平衡失调等，可伴脑电图异常。脑脊液检查细胞数多<100>
柯萨奇B组病毒可在新生儿及婴儿中引起广泛性脑炎，常伴心肌炎和肝炎，病情多重危，起病急，频发惊厥，易发生呼吸衰竭，严重病例可致死。1973～1974年湖北曾报告一次柯萨奇病毒引起的脑-心肌炎，以1岁以下发病为多。在足月新生儿中则常见轻型病毒性脑炎，仅有发热、纳呆、吐泻1～2次，脑脊液可有阳性发现，病程一般3～4天。
(二)心脏疾患(急性心肌炎和心包炎等)主要由柯萨奇B2、3、4型病毒引起，约1/3～1/2心脏病变由其引起，A4、16型和埃可6、8、9、22、30型病毒也可引发。有人认为柯萨奇B组病毒感染流行时，33％的患者有心脏病变。大多发生于新生儿及幼婴，偶见于年长儿童，近年来成人发病也不少，以青春期和年轻者为多，大多为散发，男多于女。80年代我国学者从克山病病例中分离到柯萨奇B病毒，血清学证实主要为B3、B5。动物实验发现病毒直接侵犯肌纤维，发生坏死和炎症反应。心脏病变临床症状可轻可重，轻者毫无自觉症状，重者可突然发生心功能衰竭。一般常先有短暂的发热、感冒症状，约7～10天，继而出现心脏表现。有乏力、胸痛、脉速、气促等。心脏临床表现可归纳为以下各类型。
1、急性心功能衰竭多见于新生儿，成人也可发生。起病突然，有阵咳、面色苍白、发绀及呼吸困难，也迅速出现心衰。心音低钝，心率增快、肝脏急剧增大，伴肺水肿，心电图呈低电压，心动过速，T波倒置和ST段低平等。急性心包炎可伴随心肌炎而发生或单独存在。急性心肌炎时血清心肌酶常增高。
2、心律失常临床表现以过早搏动、心动过速或各类传导阻滞为主。心电图检查有助确诊。轻者恢复快，但也可持续数月不愈，甚至反复发作达数年之久。此型最为多见。