流行性感冒往往伴随的并发症有细菌性肺炎，其他病菌感染所致肺炎，其他病毒性肺炎，Reye综合症（瑞氏综合症），心脏损害，神经系统损伤，肌炎和横纹肌溶解综合症。
细菌性肺炎
发生率为5-15％。流感起病后2-4天病情进一步加重，或在流感恢复期后病情反而加重，出现高热、剧烈咳嗽、脓性痰、呼吸困难，肺部湿性罗音及肺实变体征。外周血白细胞总数和中性粒细胞显著增多，以肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌，尤其是耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（methicillin-resistant staphylococcus aureus，MRSA），肺炎链球菌或流感嗜血杆菌等为主。
其他病原菌感染所致肺炎
包括衣原体、支原体、嗜肺军团菌、真菌（曲霉菌）等，对流感患者的肺炎经常规抗感染治疗无效时，应考虑到真菌感染的可能。
其它病毒性肺炎
常见的有鼻病毒、冠状病毒、呼吸道合胞病毒、副流感病毒等，在慢性阻塞性肺部疾病（chronic obstructive pulmonary disease,COPD）患者中发生率高，并可使病情加重，临床上难以和流感病毒引起的肺炎相区别，相关病原学和血清学检测有助于鉴别诊断。
Reye综合征
偶见于14岁以下的儿童，尤其是使用阿司匹林等水杨酸类解热镇痛药物者。主要表现为退热后出现恶心、呕吐、继之嗜睡、昏迷、惊厥等神经系统症状，肝大，无黄疸，脑脊液检查正常。发病机制不清楚。
心脏损害
心脏损伤不常见，主要有心肌炎、心包炎。可见肌酸激酶（creatine kinase，CK）升高、心电图异常，而肌钙蛋白异常少见，多可恢复。重症病例可出现心力衰竭。
神经系统损伤
包括脑脊髓炎、横断性脊髓炎、无菌性脑膜炎、局灶性神经功能紊乱、急性感染性脱髓鞘性多发性神经根神经病（格林巴利综合征，Guillain-Barre syndrome）。
肌炎和横纹肌溶解综合征
在流感中罕见。主要症状有肌无力、肾功能衰竭，CK升高。
甲流并发症一般发生在第几天
孩子患流感，会表现出一系列症状。随着流感的恶化，还会引起各种并发症。常见的流感并发症有以下几种：
肺炎、支气管炎：这是流感最常见的并发症。生病的原因是因为感染了病毒，由此引起肺炎和支气管炎。不论是肺炎还是支气管炎都会伴随着严重的咳嗽症状。当咳嗽症状严重，孩子会感到很痛苦，不肯吃母乳或配方奶，无法入睡，需要马上就医。
热性痉挛：流感和普通感冒一样，会导致人体发热。伴着发热症状引起，全身突然变硬，还会有稍微的发抖。这常常会出现在月龄较小的孩子身上，也不用过于担心，但当出现这类症状的时候，妈妈很难将其与脑病区分幵，所以，不要在家里盲目臆测’赶紧带上孩子去医院吧。
中耳炎：流感影响耳道健康，是因为粘附在喉咙或鼻子上的病毒会通过连接着鼻部和耳部的耳管进入中耳、从而引起炎症的疾病。当持续发高热、孩子不停地摸耳朵、或流出耳脓时需要到小儿耳鼻喉科就诊。
脑症：这是最严重的并发症。孩子患流感突然发热后，会出现身心疲惫、呼吸困难、意识有障碍等症状，有可能会危及生命，所以出现类似症状时需要马上带孩子去医院就诊。