扁平疣就是经过干脆接触传染，但是也可通过污染物，如针、刷子、毛巾等间接传染。另外，外伤也是引起传染的原因，平时常常可见到扁平疣沿着抓痕分布排列成条索状，这就是外伤引起传染的一个例子，另外，机体免疫力差的人也比正常人简单传染到扁平疣。
扁平疣病毒并没有在体内与血液内，而是在体表皮细胞和皮肤粘膜细胞内。 健康人的皮肤可以通过干脆接触患者的皮疹而感染，也能够经过接触被该病毒污染的物体而感染，从感染乳头瘤病毒到发生扁平疣，其潜伏期约4个月。 在正常情况下，健康人皮肤即使接触到人类乳头瘤病毒，也不会发生扁平疣，因为人体皮肤表皮的较外面一层角质层，能避免该病毒的侵袭。当表皮擦伤时，如果接触到该病毒，很有可能被感染上扁平疣。
一但在人体显示感冒，发热，精神受创，劳累多度，月经期或内分泌失调等人体抵挡能力降低情况下，体内暗藏的疣病毒就能够突然发病，发生挺多的的疣体。扁平疣导致的病变主要在皮肤上，所导致的皮肤的主要病理变化为：表皮角质层、棘层细胞显示角化过度、异常增加，从而致使表皮层肥厚增加，外观则为稍微突起的疣体。扁平疣是由人类乳头瘤病毒导致的，该病毒并没有在体内和血液内，而是在皮肤表皮下面，就好象地表的庄稼和树木花草同样，地皮下面有根，地表才会长出，一株植物表皮下面有了扁平疣病毒这个根，皮肤上才会长出扁平疣，扁平疣病毒是靠皮下毛细血管的流通来不断移动扩展的，来引发扩散很多的扁平疣。
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