中医不推荐瑜伽主要与体质差异、动作风险、气血运行理论冲突、缺乏辨证指导以及潜在关节损伤有关。
中医强调个体化调理，认为不同体质需要采用相应的养生方式。例如，瑜伽中的头倒立和深度扭转可能加剧阳虚体质者的能量耗损，而湿热体质者过度流汗会加重津液亏损。相比之下，中医更推荐八段锦、五禽戏等符合东方人体型特征的运动，这些运动的动作设计考虑了经络走向，如双手托天理三焦对应调理三焦经。
瑜伽中的一些高难度体式如蝎子式、全莲花坐可能超出普通人的关节活动范围。中医临床常见因强行盘坐导致半月板损伤的案例，脊柱过度后弯易引发小关节错位。相比之下，太极的云手、搂膝拗步等动作遵循人体自然力学，配合呼吸导引更为安全。
中医认为过度拉伸会耗伤经筋，瑜伽开胯动作可能扰动冲任二脉，影响女性月经周期。部分闭气练习屏息法违背中医“呼吸精气”的原则，可能导致气机紊乱。传统导引术强调“形松意充”，如六字诀通过嘘、呵、呼、呬、吹、嘻六声调节脏腑气机。
瑜伽练习普遍缺乏中医辨证环节。阴虚火旺者练习高温瑜伽可能加重症状，气滞血瘀者盲目进行流瑜伽反而耗气。中医运动处方需结合舌脉诊断，如易上火人群适合养阴式站桩，痰湿体质宜练健脾化湿的揉腹功。
长期瑜伽练习中的重复性动作如四柱支撑可能造成腕关节劳损，这与中医“久立伤骨”理论相符。中医更推崇动静结合的运动方式，如易筋经的韦陀献杵式通过缓慢发力锻炼筋膜，配合艾灸足三里可预防运动损伤。
中医养生主张根据季节气候调整运动方案。春季宜练疏肝的握固叩齿法，夏季适合养心的呵字诀。饮食方面，运动后饮用生脉饮人参、麦冬、五味子补气生津，避免瑜伽后立即进食寒凉水果。起居上强调“形劳而不倦”，运动强度以微微汗出为度，睡前可辅以涌泉穴按摩引火归元。体质调理推荐药膳如气虚者用黄芪炖鸡，湿热体质选赤小豆薏米粥，结合经络拍打促进气血循环。