1、病原菌
新生儿败血症主要是由大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、表皮葡萄菌、克雷白杆菌及B组链球菌感染所致。事实上，病原菌因不同地区和年代而异，我国多年来一直以金黄色葡萄球菌和大肠杆菌感染多见。而B族溶血性链球菌(GBS)和李斯特菌为发达国家新生儿感染常见的致病菌，但国内极少见。
随着呼吸机、广谱抗生素的应用以及极低出生体重儿存活率的提高等原因，使得机会致病菌：表皮葡萄球菌、绿脓杆菌、克雷伯杆菌、肠杆菌、变形杆菌、不动杆菌、沙雷菌、微球菌等;厌氧菌：脆弱类杆菌、产气荚膜梭菌以及耐药菌株所致的感染有增加趋势。而空肠弯曲菌、幽门螺杆菌等已成为新的致病菌。
2、免疫功能
细菌入侵后是否发展成为败血症，由细菌的毒力、数量、入侵方式、入侵时间、新生儿当时的免疫状态等因素的所决定。
（1）非特异性免疫功能
①屏障功能差
皮肤角质层薄、黏膜柔嫩、脐残端的创面;胃液酸度低、胆酸少使消化液的杀菌力弱，加上肠黏膜通透性大;血脑屏障功能薄弱楼以上因素都有利于细菌进入。
②淋巴结发育不全
当淋巴结发育不全时，可缺乏吞噬细胞的过滤作用，不能将感染局限在局部淋巴结。
③经典补体途径及替代补体途径的部分成分(C3、C5、调理素等)含量低，机体对细菌抗原的调理作用差。
④中性粒细胞趋化性和粘附性低，备解素、纤维素结合蛋白、溶菌酶含量低，吞噬和杀菌能力不足，影响中性粒细胞吞噬和杀菌能力。
⑤单核细胞产生粒细胞-集落刺激因子、白细胞介素等细胞隐私的能力低下。
（2）特异性免疫功能