由于呼吸系统生理解剖上的特点，如气管、支气管管腔狭窄，黏液分泌少，纤毛运动差，肺弹力组织发育差，血管丰富易于充血，间质发育旺盛，肺泡数少，肺含气量少，易为黏液所阻塞等。在此年龄阶段免疫学上也有弱点，防御功能尚未充分发展，容易发生传染病、营养不良、佝偻病等疾患。这些内在因素不但使婴幼儿容易发生肺炎，并且比较严重。1岁以下婴儿免疫力很差，故肺炎易于扩散、融合并延及两肺。年龄较大及体质较强的幼儿，机体反应性逐渐成熟，局限感染能力增强，肺炎往往出现较大的病灶，如局限于一叶则为大叶肺炎。
病因病理
中医学认为小儿咳嗽的致病原因主要为感受外邪。病位主要在肺脾。
（1）感受外邪：主要为感受风邪，风邪致病，首犯肺卫，肺主气，司呼吸，肺为邪侵，壅遏肺络，气机不宜，肃降失司，肺气上逆，则致咳嗽。风为百病之长，多挟邪而病。挟寒则鼻塞声重，流清涕，嗔声重浊，挟热则鼻孔干燥或流浊涕，挟燥则干咳少痰，咽干唇焦。
（2）痰浊内生：小儿脾胃薄弱，易为乳食、生冷所伤，致脾失健运，水谷不能化生精微，酿为痰浊，上贮于肺，塑阻气道，致使肺气不得宜畅，因而引起咳嗽。小儿肝气亢盛，木火上炎，或心经蕴热，日久化火，炼液为痰，阻碍肺气肃降，也能发生咳嗽。
（3）气阴两虚；小儿禀赋不足，素体虚弱，若外感咳嗽日久不愈，可耗伤气阴，发展为内伤咳嗽，出现肺阴耗伤或肺脾气虚之证。
现代医学认为凡引起上呼吸道感染的病原体都可成为本病的致病源。本病常在病毒棉染的基础上，因黏膜纤毛受损而继发细菌感染，即本病细菌或细菌混合病毒感染的机会较上感为多，营养不良、佝偻病、慢性咽炎的患儿易患本症。此外，空气污染、化学因素亦为本病的引发因素。
引起婴幼儿咳嗽的原因有哪些
婴幼儿出现感冒、发烧和咳嗽的情况，都是特别常见的。而且有时候咳嗽会发生在清晨，或者是在清晨最为严重，其他时间倒不怎么咳嗽，很多家长面对这种情况，都不知道孩子为什么会这样。那么，小儿清晨咳嗽怎么回事？
1、有的宝爸宝妈会发现孩子在清晨起床的时候咳嗽，这些咳嗽不太严重，而且持续时间也很短。这大多是因为经过一夜之后，呼吸道会积聚一些分泌物，这时候就会引起孩子的咳嗽。这种咳嗽被称为反射性咳嗽，并非是孩子患病。
2、孩子在清晨的时候咳嗽，也可能是属于过敏性咳嗽，这也被称为变异性哮喘。其主要表现就是在清晨的时候咳嗽严重，并且没什么痰，在运动之后加重。患者应该进行脱敏治疗，如果是药物引起的过敏，就必须要停药。
3、在宝宝患上了慢性咽炎的时候，也会有早上起床咳嗽的现象，而且还会有咳嗽干呕的症状。慢性咽炎会使孩子的声音变得嘶哑，所以最好是及时的治疗。
4、如果孩子出现了上呼吸道感染，也会在早晨起来咳嗽，这通常都是病毒、细菌感染所引起的。