自由生活阿米巴感染多数是无症状的，但可长期随粪便排出包囊。因组织受侵犯而发生的症状包括间歇性腹泻、便秘、胃肠胀气和痉挛性腹痛。肝区和升结肠区可能有触痛，大便含有粘液和血。
阿米巴痢疾在热带地区常见，但在温带地区不常见。其特征为频繁发作的液状或半液状腹泻，粪中常含有血液、粘液和活的滋养体。腹部体征从轻度触痛直至伴有高热和全身中毒症状的明显腹痛。触痛肿大的肝脏常伴有阿米巴结肠炎。复发之间，症状可减轻到反复发生的腹部痉挛、腹泻或软便，但虚弱和贫血仍继续存在。也可能出现亚急性阑尾炎的症状，若对这类病人作外科手术可能引致腹膜炎。
慢性感染的症状与炎症性肠病相似，表现为间歇性非痢疾样腹泻伴有腹痛、粘液便、腹部胀气和体重减轻。慢性感染还可在升结肠和盲肠区出现触痛的可扪及类似于癌肿的块状或环状病变（阿米巴瘤）。
转移性阿米巴病起源于结肠，可累及任何器官，但肝右叶的单个肝脓肿最为常见。它可发生在以前无症状的病人，男性比女性多见，可不知不觉地发展加剧。症状包括肝区疼痛或不适，可随活动而加剧，有时可痛及右肩。患者会有间歇热、出汗、寒战、恶心、呕吐、虚弱和体重减轻。黄疸不常见，若有也仅仅是轻度黄疸。脓肿可穿破到膈下间隙、右胸膜腔、右肺和其他附近器官。有时可见滋养体直接感染所致的皮肤病变，好发于肛周和臀部以及外伤或手术的创口。