支气管结核（EBTB）的治疗包括全身治疗、局部治疗及手术治疗，病期和及时正确的治疗是决定本病预后的关键。其具体治疗方法及作用机制如下所述。
一、全身治疗
与肺结核治疗相同，绝大部分病例在化疗3个月后痰菌培养阴转，疗程以12～18个月为宜。在以下两个方面使用激素得到认可。
1、对结核分支杆菌呈超敏状态者。
2、儿童纵隔淋巴结核引起的结核性支气管炎，激素治疗疗效明显。
给药方法为头6d，泼尼松龙由5mg/kg.d减至1mg/kg.d，以后20d维持1mg/kg.d，并在6周内逐渐减药并停药。另一种给药方法是在头2周给予泼尼松龙2mg/kg.d，以后在2～3个月内逐渐减药并停用。炎症早期激素可消退炎症，改善通气。但激素可能无法预防和消除支气管纤维性狭窄的形成和发展。
二、局部治疗
雾化吸入抗结核药物已广泛用于EBTB的辅助治疗，应用价值已经得到了肯定。全身治疗加异烟肼（INH)200mg/d雾化吸入，支气管狭窄症状减轻，同时呼吸道症状也得到有效的改善。
经纤支镜局部治疗：
1、病变支气管药物灌注多为先将分泌物吸尽，生理盐水冲洗吸出后，注入异烟肼0.3g、氧氟沙星0.2g、阿米卡星0.2g，生理盐水5ml（1次/周），3个月痰菌阴转率81％。
2、病变支气管粘膜定点注药主要用异烟肼0.2～0.3g、阿米卡星0.2g或链霉素1.0g，多为1次/周，8～16次不等。对充血水肿、增殖结节型病变疗效可达95％左右。
3、其它气管内治疗：包括Nd-YAG激光治疗、高频电刀治疗、冷冻治疗、微波治疗和管腔内安置支撑架及球囊扩张治疗大气道狭窄等。上述气管内治疗报道较少，病例数有限，临床经验不多，难以客观全面地评价其应用价值。
近年有报道采用体外紫外线血液辐射疗法辅助治疗结核性支气管炎。经治疗后患者痰结核分支杆菌数量明显减少，红细胞沉降率恢复正常。认为该法能加强治疗作用。