子宫内膜异位症的治疗方案，因病情的轻重，患者的年龄和生育情况而有所不同。如病情较重，或表现为重的痛经，或盆腔检查发现有肯定的内膜异位结节，就必须采取药物或手术治疗。
一、药物治疗
采用药物来对抗或抑制卵巢的周期性内分泌刺激。最初是用睾丸酮类的雄性激素，副作用较大，而且效力亦不够强，已逐渐摒弃不用。后来则逐渐发展成了假孕疗法及假绝经疗法。
1、假孕疗法：是用强力的孕激素避孕药物，以更大的剂量不间断地长期服用，使得月经停止来潮，子宫内膜及异位的子宫内膜在药物作用下发生类似妊娠的反应，所以又叫假孕疗法。用于这种疗法的药物很多，并且还在发展，口服的主要有安宫黄体酮、普维拉、内美通等，肌注的有己酸孕酮。这种疗法至少要持续六个月，才可以使异位内膜停止活动，最后发生萎缩，从而产生疗效。
2、假绝经疗法：20世纪70～80年代，国外主要是使用一种叫丹那唑的药物，它是一种雄激素的衍生物，效果较好，我国目前也正在使用，但它有比较大的副作用。从20世纪80年代开始，国外则广泛使用一种叫戈舍瑞林的药物，它主要是能非常强烈地抑制卵巢的功能，使其几乎完全失去作用，从而达到治疗目的，而且由于这种药物是一种长效缓释制剂，只需一个月皮下注射一次，非常方便。这类药物能使子宫内膜产生类似绝经妇女的萎缩现象，故称假绝经疗法。
二、手术疗法
一般认为卵巢上发生的巧克力囊肿，病变体积往往较大，或发生在其他部位的子宫内膜异位结节，体积在2厘米直径以上者，即不易用药物控制，而需要手术治疗；或者经过六个月甚至一年的药物治疗，病情仍不见好转，也应考虑手术切除。如果病人年轻，没有子女，手术时一般只将内膜异位的病变切除，而将子宫和正常卵巢组织保留下来。称为保守性手术。这种手术保留了生育的可能性，但复发机会较大。如已有子女且病人年龄较大（35），可以在切除内膜异位病变的同时，切除子宫，但保留正常的卵巢组织。此法从长远看来，效果优于保守性手术，但不能绝对防止复发。如果病人年近绝经期，或内膜异位病变过于广泛，难于彻底根除，则在手术时应将子宫卵巢一同切除。
近年来腹腔镜的广泛应用，已使子宫内膜异位症的治疗有了一种新的选择，特别是在国外，腹腔镜手术和“戈舍瑞林”药物的结合，已成为越来越广泛的治疗方案。