衣原体尿路感染的病因以湿热为主，病初多为邪实之证，久病则由实转虚。如邪气未尽，正气已伤，则表现为虚实夹杂的证候。
一、辩证治疗急性期尿路感染
急性期，包括急性尿路感染和慢性尿路感染急性发作期，临床上以尿频、尿急、尿痛、尿浊，或发热恶寒，偶见血尿为特征。
1、膀胱湿热
主证：小便频数，短涩刺痛，点滴而下，急迫灼热，溺色黄赤，少腹拘急胀痛，或发热恶寒，口苦呕恶，或腹痛拒按，大便秘结，舌红，苔黄腻，脉滑数。
治法：清热泻火，利湿通淋。
方药：八正散加蒲公英、石韦。木通6g，瞿麦10g，车前草15g，篇蓄10g，滑石30g，山栀10g，大黄6g(后入)，灯心草10g，生甘草6g，石韦30g，蒲公英30g
2、肝胆郁热
主证：寒热往来，口苦咽干，心烦欲呕，不思饮食，尿频而痛，溺色黄赤，少腹胀痛，舌红苔黄或腻，脉弦数。.
治法：清泻肝胆湿热。
方药：龙胆泻肝汤。龙胆草10g，柴胡12g，泽泻12g，车前子15g，木通6g，生地12g，当归15g，山栀10g，黄芩10g，甘草6g。
3、三焦湿热
症状：寒战高热，午后热盛，身重疼痛，胸闷不饥，口干不欲饮，脘腹痞满，时感恶心欲吐，小便浑浊，苔黄厚腻，脉濡数或滑数。
治法：宣利三焦，清化湿热。
方药：三仁汤加味。杏仁10g，生薏苡仁30g，白蔻仁12g，厚朴10g，制半夏12g，白通草6g，飞滑石30g，竹叶9g。
二、辨证治疗缓解期的尿路感染
缓解期是急性症状已缓解，病程在6个月以上，小便涩痛不甚显著，时作时止，感腰痛，疲乏无力，常因劳累或感冒引起急性发作.
1、脾肾气虚
主证：倦怠乏力，纳呆腹胀，腰酸腰痛，尿频清长或夜尿多，大便稀软，时感小便涩滞，时作时止，舌淡苔薄白，脉沉细无力。
治法：益气健脾补肾，佐以利湿。
方药；清泉饮(自拟方)。党参15g，黄芪15g，山yao15g，茯苓15g，枸杞15g，菟丝子12g，薏苡仁30g，车前子15g(布包)，石韦30g，甘草3g。
2、肝肾阴虚
主证：头晕耳鸣，甚则头痛，潮热盗汗，口干唇燥，腰酸痛，小便短赤而黄，舌质偏红苔薄黄或少苔，脉沉细或弦细
治法：滋阴清热利湿。
方药：知柏地黄汤合二至丸加味。知母9g，黄柏9g，熟地12g，山yao15g，山萸肉9g，牡丹皮12g，茯苓15g，泽泻12g，女贞子12g，旱莲草12g，车前子15g(布包)，益母草18g。