新生隐球菌的新生变种广泛分布于世界各地，且几乎所有艾滋病患者伴发的隐球菌感染都是由该类变种引起。一般本病需要采用下面的治疗方法：
一、抗真菌治疗
1、两性霉素B
两性霉素B对新生隐球菌的抑菌浓度为0.01～1.56μg/mL，是治疗隐脑的首选药物之一。隐球菌脑膜炎的治愈率为56.6％～81％，但治愈停药后有1/3病例可能复发，需要进行维持治疗。
(1)两性霉素B的应用方法：静脉滴注从小剂量开始，首次1～5mg，以后每天增加5mg(儿童1～2mg)，直至每天0.5～0.75mg/kg体重。疗程根据脑脊液转阴时间及全身情况确定，一般应用2～3个月，脑脊液转阴后尚需以氟康唑或伊曲康唑等维持治疗3～4个月。
(2)毒副作用：常见寒战、发热、肝、肾、心肌、造血系统损害、低血钾、房性阵发性心动过速，亦有发生心室纤颤死亡的报道。应用两性霉素B静脉滴注时应注意以下几点：
①输液速度宜慢，控制在20～30dr/min。
②输液瓶以黑布包裹，以防光线照射破坏两性霉素B。
③两性霉素B先用注射用水稀释为5mg/mL，再用5％葡萄糖溶液500mL稀释，不宜用生理盐水稀释，以免产生沉淀。
④药液中可同时加入地塞米松2～5mg或氢化可的松50mg输注。
⑤输液前肌注异丙嗪25mg。
⑥如使用期间出现严重反应，可暂时停药并对症处理。
两性霉素B鞘内注射可使脑脊液中直接达到较高的抑菌浓度，对重症病例尤为适用。应用时一般以0.1～1mg与地塞米松1～2mg及适量脑脊液混匀后缓慢注入，每周1～3次。鞘内注射两性霉素B可能出现化学性脑膜炎、头痛加剧、腿痛、大小便困难、蛛网膜黏连、休克等较严重的不良反应。
2、两性霉素B脂质体
它是一种双层脂质体内含有两性霉素B的新型剂制，两性霉素B脂质体降低与机体胆固醇的结合而增强对麦角醇的结合，从而降低两性霉素B的毒副作用，据统计，两性霉素B脂质体的毒性约为两性霉素B的1/70。毒性降低主要原因是：两性霉素B掺入脂质体后其凝聚状态发生改变，成为完全单一的单体所致。两性霉素B脂质体中，呈单体的两性霉素B缓慢释放进入体内，少量释放的两性霉素B不足以损伤宿主细胞膜，却集中于感染灶内杀死真菌，达到降低毒性的作用。