目前隐匿型肾炎尚无特殊治疗，主要是一般预防性治疗，以保护肾脏功能。
一、一般治疗
1、饮食与休息：限制饮食中蛋白摄入量，避免蛋白高滤过而造成肾脏的进一步损害。从事较轻工作，减轻工作强度，避免劳累。
2、原发病灶治疗：对有上呼吸道感染及化脓性病灶(如扁桃体炎)，应积极使用抗生素控制感染，治疗急、慢性炎性病灶，阻断抗原抗体免疫反应。对反复发作的扁桃体炎应择期手术，对龋齿病也应及时治疗。
3、禁用肾毒性药物：如氨基糖苷类(庆大霉素、卡那霉素、链霉素)及中药(马兜铃酸、关木通等)。
二、药物治疗
1、ACEI：有降低尿蛋白作用，其机制是通过降低肾小球内压，减少尿蛋白，同时有助于改善肾小球的通透性。对单纯性蛋白尿及蛋白尿伴血尿者均可使用。尤其适用于伴有轻度高血压的病人，可根据病人血压选择不同的制剂。多数学者主张从小剂量开始，避免低血压造成的肾损害，一旦发现血压低于正常，应及时减量或停用。
2、抗血小板聚集药：常用于单纯性血尿病人。常用药物主要有双嘧达莫(潘生丁)；阿司匹林可能引起过敏，大剂量使用也可导致肾间质损害，应慎用；保肾康、肾炎康、六味地黄丸等中成药，有活血化瘀、保肾作用，临床常使用。肾上腺皮质激素及细胞毒类药物，一般情况下初期不必应用肾上腺皮质激素及细胞类毒药物治疗，可试用雷公藤多甙，亦可采用中医中药。
本病预后较好，发病5年后50％以上患者可自行缓解，仅有极个别病人血压升高、肾小球滤过率下降。